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Comparison of deep neural networks in detecting field grapevine diseases using transfer learning / Antonios Morellos in Remote sensing, vol 14 n° 18 (September-2 2022)
[article]
Titre : Comparison of deep neural networks in detecting field grapevine diseases using transfer learning Type de document : Article/Communication Auteurs : Antonios Morellos, Auteur ; Xanthoula Eirini Pantazi, Auteur ; Charalampos Paraskevas, Auteur ; et al., Auteur Année de publication : 2022 Article en page(s) : n° 4648 Note générale : bibliographie Langues : Anglais (eng) Descripteur : [Vedettes matières IGN] Applications de télédétection
[Termes IGN] apprentissage profond
[Termes IGN] classification par réseau neuronal convolutif
[Termes IGN] détection de changement
[Termes IGN] extraction de traits caractéristiques
[Termes IGN] Grèce
[Termes IGN] jeu de données
[Termes IGN] maladie cryptogamique
[Termes IGN] maladie phytosanitaire
[Termes IGN] viticultureRésumé : (auteur) Plants diseases constitute a substantial threat for farmers given the high economic and environmental impact of their treatment. Detecting possible pathogen threats in plants based on non-destructive remote sensing and computer vision methods offers an alternative to existing laboratory methods and leads to improved crop management. Vine is an important crop that is mainly affected by fungal diseases. In this study, photos from healthy leaves and leaves infected by a fungal disease of vine are used to create disease identification classifiers. The transfer learning technique was employed in this study and was used to train three different deep convolutional neural network (DCNN) approaches that were compared according to their classification accuracy, namely AlexNet, VGG-19, and Inception v3. The above-mentioned models were trained on the open-source PlantVillage dataset using two training approaches: feature extraction, where the weights of the base deep neural network model were frozen and only the ones on the newly added layers were updated, and fine tuning, where the weights of the base model were also updated during training. Then, the created models were validated on the PlantVillage dataset and retrained using a custom field-grown vine photo dataset. The results showed that the fine-tuning approach showed better validation and testing accuracy, for all DCNNs, compared to the feature extraction approach. As far as the results of DCNNs are concerned, the Inception v3 algorithm outperformed VGG-19 and AlexNet in almost all the cases, demonstrating a validation performance of 100% for the fine-tuned strategy on the PlantVillage dataset and an accuracy of 83.3% for the respective strategy on a custom vine disease use case dataset, while AlexNet achieved 87.5% validation and 66.7% accuracy for the respective scenarios. Regarding VGG-19, the validation performance reached 100%, with an accuracy of 76.7%. Numéro de notice : A2022-768 Affiliation des auteurs : non IGN Thématique : IMAGERIE Nature : Article DOI : 10.3390/rs14184648 Date de publication en ligne : 17/09/2022 En ligne : https://doi.org/10.3390/rs14184648 Format de la ressource électronique : URL article Permalink : https://documentation.ensg.eu/index.php?lvl=notice_display&id=101794
in Remote sensing > vol 14 n° 18 (September-2 2022) . - n° 4648[article]Excelling the progenitors: Breeding for resistance to Dutch elm disease from moderately resistant and susceptible native stock / Jorge Dominguez in Forest ecology and management, vol 511 (May-15 2022)
[article]
Titre : Excelling the progenitors: Breeding for resistance to Dutch elm disease from moderately resistant and susceptible native stock Type de document : Article/Communication Auteurs : Jorge Dominguez, Auteur ; David Macaya-Sanz, Auteur ; Luis Gil, Auteur ; et al., Auteur Année de publication : 2022 Article en page(s) : n° 120113 Note générale : bibliographie Langues : Anglais (eng) Descripteur : [Termes IGN] adaptation (biologie)
[Termes IGN] conservation des ressources forestières
[Termes IGN] Europe occidentale
[Termes IGN] génétique forestière
[Termes IGN] maladie cryptogamique
[Termes IGN] maladie phytosanitaire
[Termes IGN] phénologie
[Termes IGN] Ulmus minor
[Vedettes matières IGN] ForesterieRésumé : (auteur) Under the continuous pressure of Dutch elm disease (DED) in Europe, increasing the genetic diversity of Ulmus minor trees resistant to Ophiostoma novo-ulmi is a priority for the species conservation and reintroduction. In this work we screened 121 U. minor genotypes for resistance to O. novo-ulmi under field experimental conditions. The genotypes had been previously obtained through controlled crosses between two moderately resistant (dams) and one susceptible (sire) genotypes. After two years of artificial inoculations with O. novo-ulmi, transgressive resistance was present but not prevalent, and a moderate relation was found between tree growth and susceptibility. Heritability estimates of DED resistance endorse significant genetic control and higher estimates for experimental blocks with milder symptoms. Three genotypes excelled for their high DED resistance, showing average foliage wilting values below 30% after the two years of inoculations. The genetic fingerprint, leaf phenology and morphology, and ornamental traits of these three genotypes were evaluated to facilitate their identification and use by stakeholders. Nuclear microsatellite profiling displayed unique barcodes for each genotype, ensuring traceability of the plant material. Morphological and phenological traits of the three genotypes are quite similar and fall within the species standards. In base of these results, three new native genotypes are proposed as basic materials for elm reintroduction in Western Europe. Numéro de notice : A2022-260 Affiliation des auteurs : non IGN Thématique : FORET Nature : Article DOI : 10.1016/j.foreco.2022.120113 Date de publication en ligne : 04/03/2022 En ligne : https://doi.org/10.1016/j.foreco.2022.120113 Format de la ressource électronique : URL article Permalink : https://documentation.ensg.eu/index.php?lvl=notice_display&id=100242
in Forest ecology and management > vol 511 (May-15 2022) . - n° 120113[article]Tree mortality caused by Diplodia shoot blight on Pinus sylvestris and other mediterranean pines / Maria Caballol in Forest ecology and management, vol 505 (February-1 2022)
[article]
Titre : Tree mortality caused by Diplodia shoot blight on Pinus sylvestris and other mediterranean pines Type de document : Article/Communication Auteurs : Maria Caballol, Auteur ; Maia Ridley, Auteur ; Michele Colangelo, Auteur ; et al., Auteur Année de publication : 2022 Article en page(s) : n° 119935 Note générale : bibliographie Langues : Anglais (eng) Descripteur : [Termes IGN] dendrochronologie
[Termes IGN] dépérissement
[Termes IGN] endophyte
[Termes IGN] épidémie
[Termes IGN] Espagne
[Termes IGN] grêle
[Termes IGN] houppier
[Termes IGN] maladie cryptogamique
[Termes IGN] mortalité
[Termes IGN] Pinus halepensis
[Termes IGN] Pinus nigra
[Termes IGN] Pinus pinea
[Termes IGN] Pinus sylvestris
[Termes IGN] santé des forêts
[Termes IGN] sécheresse
[Vedettes matières IGN] Végétation et changement climatiqueRésumé : (auteur) Diplodia shoot blight is an emergent forest disease in Europe caused by Diplodia sapinea. The short-term impacts of the pathogen on tree physiology are well known, but its capacity to cause mortality has been poorly documented. We compared the survival of four pine species affected by Diplodia shoot blight following a hailstorm: Pinus sylvestris, P. nigra, P. pinea and P. halepensis. In the case of P. sylvestris, survival in the hail-affected sites was compared with survival in other sites affected by Diplodia shoot blight with no hailstorm records. Mortality and crown condition were recorded over two years. Dendrochronological analyses were conducted to assess growth responses to drought and to test the influence of radial growth before the outbreak of Diplodia shoot blight on survival. The endophytic community, as well as the abundance of D. sapinea, was quantified by metabarcoding and qPCR respectively, and were correlated with crown damage. Crown damage was the best predictor of mortality across species. Pinus sylvestris experienced a much higher rate of mortality than P. nigra, P. pinea and P. halepensis. Two years after the outbreak, P. halepensis was the only species that could recover crown condition. Mortality was found to be unrelated to radial growth prior the outbreak. Drought responses did not correlate with mortality differences across pine species or sites. In the case of P. sylvestris, mortality was initially higher amongst diseased trees in areas affected by hailstorms than in sites not affected by hailstorms, however it tended to equalise after two years. Amongst P. sylvestris trees, crown damage correlated with a higher abundance of the pathogen. Signs of competition amongst endophytes were observed between non-defoliated and defoliated Scots pine trees following hailstorms. Our study shows that D. sapinea can cause a significant mortality to P. sylvestris. The legacy effects of crown damage can last for at least two years after an outbreak. During this time, crown damage is a good predictor of survival, and can help managers decide which trees remove after an outbreak. Numéro de notice : A2022-042 Affiliation des auteurs : non IGN Thématique : FORET Nature : Article DOI : 10.1016/j.foreco.2021.119935 Date de publication en ligne : 23/12/2021 En ligne : https://doi.org/10.1016/j.foreco.2021.119935 Format de la ressource électronique : URL article Permalink : https://documentation.ensg.eu/index.php?lvl=notice_display&id=99400
in Forest ecology and management > vol 505 (February-1 2022) . - n° 119935[article]Est-il possible de tirer des enseignements des introductions anciennes d'agents pathogènes ? L'exemple de la graphiose de l'orme / Dominique Piou in Revue forestière française, vol 70 n° 6 (2018)
[article]
Titre : Est-il possible de tirer des enseignements des introductions anciennes d'agents pathogènes ? L'exemple de la graphiose de l'orme Titre original : Are There Any Lessons to be Learnt from Long-standing Introductions of Pathogens? The Case of Dutch Elm disease Type de document : Article/Communication Auteurs : Dominique Piou, Auteur ; Fabienne Benest , Auteur ; Eric Collin, Auteur Année de publication : 2018 Projets : 1-Pas de projet / Article en page(s) : pp 621 - 637 Note générale : bibliographie Langues : Français (fre) Descripteur : [Vedettes matières IGN] Végétation
[Termes IGN] inventaire forestier national (données France)
[Termes IGN] maladie cryptogamique
[Termes IGN] maladie phytosanitaire
[Termes IGN] santé des forêts
[Termes IGN] Scolytinae
[Termes IGN] Ulmus glabra
[Termes IGN] Ulmus minorRésumé : (auteur) La graphiose ou maladie hollandaise de l'orme a été détectée il y a près de cent ans dans le nord-est de la France. Depuis, elle s'est largement répandue au point d'être considérée comme une des maladies les plus destructives jamais observée sur ligneux, aussi bien en Europe qu'en Amérique du nord. D'autres maladies se sont révélées tout aussi dévastatrices comme le chancre du châtaignier, la aussi en Europe et Amérique du nord, ou potentiellement tout aussi dommageables comme la chalarose du frêne en Europe. Il était des lors intéressant d'essayer de tirer quelques enseignements d'une des plus anciennes pandémies affectant une essence forestière. En réalité, ce sont deux pandémies successives de graphiose, attribuées a deux champignons distincts (Ophiostoma ulmi puis O. novo-ulmi) qui se sont développées en Europe. O. novo-ulmi, responsable depuis la fin des années 1960 de la pandémie la plus grave, a connu au cours de son extension des changements évolutifs rapides par hybridation et transfert horizontal de gènes avec d'autres espèces. L'agressivité de ce champignon ne semble pas avoir diminué depuis cinquante ans et le volume d'Orme sur pied dans les forets françaises a fortement régressé, mais semble se stabiliser depuis une dizaine d'années entre 2 et 4 millions de mètres cubes, avec une dominance de jeunes tiges, selon les données de l'Inventaire forestier national. La mortalité en forêt semble également relativement faible, peut-être en liaison avec une chute des populations de son principal vecteur (Scolytus scolytus) qui est principalement inféodé aux arbres adultes. Malgré la diminution drastique des effectifs d'Orme, aucune étude n'a mis en évidence une diminution de la diversité génétique des populations champêtres en Europe. Par contre, l'introduction d'une espèce d'Orme asiatique résistante à la graphiose dans le sud de l'Europe a conduit après hybridation et introgression à des modifications irréversibles de la structure génétique des ormes autochtones. Dans cette zone, les actions de l'homme suite à la maladie pourraient avoir plus fortement modifié la structure génétique des populations d'Orme que la maladie elle-même. De même, les effets des deux pandémies successives sur la biodiversité associée aux ormes semblent relativement limités d'après la littérature. Ces résultats ne sont pas conformes à la vision alarmiste qui régnait au début des années 1980, laquelle avait entrainé la mise en place d'un conservatoire de ressources génétiques d'Orme sous la forme d'un parc à clones et suscite l'espoir de sélectionner des ormes résistants. Aucun clone ne s'est montré fortement résistant à la graphiose mais certains, parmi les plus aptes à guérir, peuvent contribuer à la reconstitution de haies champêtres. Dans les années 1990, des unités de conservation in situ, pour des populations d'Orme lisse et d'Orme de montagne ont pu être installées dans le cadre d'un réseau coordonné au niveau européen. Numéro de notice : A2018-678 Affiliation des auteurs : IGN+Ext (2012-2019) Thématique : FORET Nature : Article nature-HAL : ArtAvecCL-RevueNat DOI : 10.4267/2042/70312 En ligne : https://doi.org/10.4267/2042/70312 Format de la ressource électronique : URL article Permalink : https://documentation.ensg.eu/index.php?lvl=notice_display&id=96408
in Revue forestière française > vol 70 n° 6 (2018) . - pp 621 - 637[article]Des ormes résistants à la graphiose sont disponibles / Jean Pinon in Le Bois International : l'officiel du bois [édition verte], vol 2010 n° 14 (10 avril 2010)
[article]
Titre : Des ormes résistants à la graphiose sont disponibles Type de document : Article/Communication Auteurs : Jean Pinon, Auteur Année de publication : 2010 Article en page(s) : p. 15-17 Langues : Français (fre) Descripteur : [Termes IGN] maladie cryptogamique
[Termes IGN] Ulmus (genre)
[Vedettes matières IGN] SylvicultureRésumé : (Editeur) "Ancien directeur de recherche à l'Inra de Nancy-Champenoux (pathologie forestière), Jean Pinon revient sur le chemin, long et difficile mais débouchant sur un succès, ayant conduit à la sélection de deux variétés d'ormes résistantes à la graphiose." Numéro de notice : IFN_5473 Affiliation des auteurs : non IGN Nature : Article DOI : sans Permalink : https://documentation.ensg.eu/index.php?lvl=notice_display&id=73308
in Le Bois International : l'officiel du bois [édition verte] > vol 2010 n° 14 (10 avril 2010) . - p. 15-17[article]Exemplaires(1)
Code-barres Cote Support Localisation Section Disponibilité IFN-001-P000872 PER Revue Nogent-sur-Vernisson Salle périodiques Exclu du prêt