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Auteur Philippe Santenoise |
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Affiner la recherche Interroger des sources externesCAVIAR: an R package for checking, displaying and processing wood-formation-monitoring data / Cyrille B.K. Rathgeber in Tree Physiology, vol 38 n° 8 (August 2018)
Titre : CAVIAR: an R package for checking, displaying and processing wood-formation-monitoring data Type de document : Article/Communication Auteurs : Cyrille B.K. Rathgeber, Auteur ; Philippe Santenoise, Auteur ; Henri E. Cuny Année de publication : 2018 Projets : ARBRE / AgroParisTech (2007 -) Article en page(s) : pp 1246 - 1260 Note générale : bibliographie Langues : Anglais (eng) Descripteur : [Termes IGN] cerne
[Termes IGN] données allométriques
[Termes IGN] dynamique de la végétation
[Termes IGN] forêt boréale
[Termes IGN] forêt tempérée
[Termes IGN] inventaire forestier (techniques et méthodes)
[Termes IGN] Loi de Gompertz
[Termes IGN] phénologie
[Termes IGN] Pinophyta
[Termes IGN] R (langage)
[Termes IGN] régression logistique
[Termes IGN] visualisation de données
[Vedettes matières IGN] Inventaire forestierRésumé : (auteur) In the last decade, the pervasive question of climate change impacts on forests has revived investigations on intra-annual dynamics of wood formation, involving disciplines such as plant ecology, tree physiology and dendrochronology. This resulted in the creation of many research groups working on this topic worldwide and a rapid increase in the number of studies and publications. Wood-formation-monitoring studies are generally based on a common conceptual model describing xylem cell formation as the succession of four differentiation phases (cell division, cell enlargement, cell wall thickening and mature cells). They generally use the same sampling techniques, sample preparation methods and anatomical criteria to separate between differentiation zones and discriminate and count forming xylem cells, resulting in very similar raw data. However, the way these raw data are then processed, producing the elaborated data on which statistical analyses are performed, still remains quite specific to each individual study. Thereby, despite very similar raw data, wood-formation-monitoring studies yield results that are still quite difficult to compare. CAVIAR—an R package specifically dedicated to the verification, visualization and manipulation of wood-formation-monitoring data—can help to improve this situation. Initially, CAVIAR was built to provide efficient algorithms to compute critical dates of wood formation phenology for conifers growing in temperate and cold environments. Recently, we developed it further to check, display and process wood-formation-monitoring data. Thanks to new and upgraded functions, raw data can now be consistently verified, standardized and modelled (using logistic regressions and Gompertz functions), in order to describe wood phenology and intra-annual dynamics of tree-ring formation. We believe that CAVIAR will help strengthening the science of wood formation dynamics by effectively contributing to the standardization of its concepts and methods, making thereby possible the comparison between data and results from different studies. Numéro de notice : A2018-657 Affiliation des auteurs : IGN+Ext (2012-2019) Thématique : FORET Nature : Article nature-HAL : ArtAvecCL-RevueIntern DOI : 10.1093/treephys/tpy054 Date de publication en ligne : 19/05/2018 En ligne : https://doi.org/10.1093/treephys/tpy054 Format de la ressource électronique : URL article Permalink : https://documentation.ensg.eu/index.php?lvl=notice_display&id=93813
in Tree Physiology > vol 38 n° 8 (August 2018) . - pp 1246 - 1260[article]
Titre : Improving the design of long-term monitoring experiments in forests: a new method for the assessment of local soil variability by combining infrared spectroscopy and dendrometric data Type de document : Article/Communication Auteurs : Emila Akroume, Auteur ; Bernd Zeller, Auteur ; Marc Buée, Auteur ; Philippe Santenoise, Auteur ; Laurent Saint André, Auteur Année de publication : 2016 Article en page(s) : pp 1005 - 1013 Note générale : Bibliographie Langues : Anglais (eng) Descripteur : [Termes IGN] dendrométrie
[Termes IGN] placette d'échantillonnage
[Termes IGN] rayonnement infrarouge moyen
[Termes IGN] sol forestier
[Termes IGN] spectroscopie
[Termes IGN] surveillance forestière
[Termes IGN] variabilité
[Vedettes matières IGN] Ecologie forestièreRésumé : (Auteur) Near- and mid-infrared spectroscopy allows for the detection of local patterns of forest soil properties. In combination with dendrometric data, it may be used as a prospective tool for determining soil heterogeneity before setting up long-term forest monitoring experiments.
Context : Forest soils and stands generally exhibit higher spatial heterogeneity than other terrestrial ecosystems. This variability needs be taken into account before setting up long-term forest monitoring experiments to avoid multiple interactions between local heterogeneity and the factors tested in the experiment.
Aims : We hypothesized that raw near- and mid-infrared spectra can be used as an integrated proxy of a large set of soil properties. The use of this method, in combination with dendrometric data, should provide a quick and cost-effective tool for optimizing the design of experimental forest sites.
Methods : We assessed the local soil heterogeneity at 11 experimental sites in oak and beech stands, which belong to a new forest long-term ecological research (LTER) network. We used near- and mid-infrared spectroscopy in soil and litter samples. The spectra were subjected to principal components analyses (PCA) to determine the intra-site variability of the soil and litter layers.
Results : Based on mapped PCA coordinates and basic dendrometric data, it was possible to design the experiment and minimize the interactions between the treatment layout and the tested variables. The method was validated with chemical analyses of the soil. No interaction was detected at the set-up of the experiment between the treatment layout and chemical soil properties (C, N, C/N ratio, pH, CEC, Al, Mg, P2O5, Fe, Mn, Na, and K).
Conclusion : Near-infrared (NIR) and mid-infrared (MIR) spectroscopy is a useful tool for characterizing the overall heterogeneity of soil chemical properties. It can be used without any preliminary calibration. In combination with dendrometric data, it provides a reliable method for optimizing LTER plots in different types of ecosystems.Numéro de notice : A2016--012 Affiliation des auteurs : non IGN Thématique : FORET Nature : Article DOI : 10.1007/s13595-016-0572-3 Date de publication en ligne : 31/08/2016 En ligne : https://doi.org/10.1007/s13595-016-0572-3 Format de la ressource électronique : URL article Permalink : https://documentation.ensg.eu/index.php?lvl=notice_display&id=83858
in Annals of Forest Science > vol 73 n° 4 (December 2016) . - pp 1005 - 1013[article]
Titre : Estimation harmonisée du volume de tige à différentes découpes Type de document : Article/Communication Auteurs : Christine Deleuze, Auteur ; François Morneau Année de publication : 2014 Projets : EMERGE / Deleuze, Christine Article en page(s) : pp 33 - 42 Note générale : bibliographie Langues : Français (fre) Descripteur : [Termes IGN] estimation statistique
[Termes IGN] modèle statistique
[Termes IGN] sylviculture
[Termes IGN] tronc
[Termes IGN] volume en bois
[Vedettes matières IGN] Economie forestièreRésumé : (éditeur) Le volume tige, on connaît ... mais pour quelle découpe, quelle essence, quelle région voire forêt ? Comment assurer des estimations cohérentes à large échelle ? Comment anticiper l’évolution des usages, avec des spécifications (découpe …) de plus en plus variables ? La solution : un modèle unique paramétré par essence (ou groupe d’essences), calé sur le volume total, valable partout et modulable selon la découpe. Vous en doutez ? EMERGE l’a fait ! En introduisant une nouvelle « entrée », la hauteur de décrochement. Attention : pour bien comprendre cet article, il faut avoir lu le précédent. Numéro de notice : A2014-802 Affiliation des auteurs : LIF+Ext (2012-2019) Thématique : FORET/MATHEMATIQUE Nature : Article nature-HAL : ArtSansCL DOI : sans Permalink : https://documentation.ensg.eu/index.php?lvl=notice_display&id=74584
in Rendez-vous techniques > n° 44 (printemps 2014) . - pp 33 - 42[article]Exemplaires(1)
Code-barres Cote Support Localisation Section Disponibilité IFN-001-P001608 PER Revue Nogent-sur-Vernisson Salle périodiques Disponible Documents numériques
en open access
Estimation harmonisée du volume de tige à différentes découpesAdobe Acrobat PDF
Titre : Estimer le volume total d’un arbre, quelles que soient l’essence, la taille, la sylviculture, la station Type de document : Article/Communication Auteurs : Christine Deleuze, Auteur ; François Morneau Année de publication : 2014 Projets : EMERGE / Deleuze, Christine Article en page(s) : pp 22 - 32 Note générale : bibliographie Langues : Français (fre) Descripteur : [Termes IGN] arbre (flore)
[Termes IGN] estimation statistique
[Termes IGN] modèle statistique
[Termes IGN] sylviculture
[Termes IGN] volume en bois
[Vedettes matières IGN] Economie forestièreRésumé : (éditeur) Pourquoi aborder les volumes en commençant par le volume total de l’arbre, peu familier et difficile à appréhender ? Parce qu’il est total, justement : indispensable pour assurer la cohérence des estimations par compartiment (tige, branches, à telle ou telle découpe). Et parce qu’on en a besoin pour les nouveaux enjeux, ceux du carbone par exemple. La méthode est complexe, mais le résultat est là : un modèle général, paramétré pour 28 essences avec aussi une formule simplifiée pour des estimations approchées rapides. Numéro de notice : A2014-803 Affiliation des auteurs : LIF+Ext (2012-2019) Thématique : FORET/MATHEMATIQUE Nature : Article nature-HAL : ArtSansCL DOI : sans Permalink : https://documentation.ensg.eu/index.php?lvl=notice_display&id=74583
in Rendez-vous techniques > n° 44 (printemps 2014) . - pp 22 - 32[article]Exemplaires(1)
Code-barres Cote Support Localisation Section Disponibilité IFN-001-P001608 PER Revue Nogent-sur-Vernisson Salle périodiques Disponible Documents numériques
en open access
Estimer le volume total d’un arbre, quelles que soient l’essence, la taille,...Adobe Acrobat PDF
