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Genome-wide evolutionary response of European oaks during the Anthropocene / Dounia Saleh in Evolution letters, vol 6 n° 1 (February 2022)
[article]
Titre : Genome-wide evolutionary response of European oaks during the Anthropocene Type de document : Article/Communication Auteurs : Dounia Saleh, Auteur ; Jun Chen, Auteur ; Jean-Charles Leple, Auteur ; Thibault Leroy, Auteur ; Laura Truffaut, Auteur ; Benjamin Dencausse, Auteur ; Céline Lalanne, Auteur ; Karine Labadie, Auteur ; Isabelle Lesur, Auteur ; Didier Bert, Auteur ; Frédéric Lagane, Auteur ; François Morneau , Auteur ; Jean-Marc Aury, Auteur ; Christophe Plomion, Auteur ; Martin Lascoux, Auteur ; Antoine Kremer, Auteur Année de publication : 2022 Projets : 3-projet - voir note / Article en page(s) : pp 4 - 20 Note générale : bibliographie
This research was supported by the European Research Council through an Advanced Grant (project TREEPEACE # FP7-339728), by France Génomique (project EVOL-OAK, ANR-10-INBS-09-08), and by the French Forest Service (ONF) (INRAE-ONF TREEPEACE contract).Langues : Anglais (eng) Descripteur : [Termes IGN] dix-huitième siècle
[Termes IGN] dix-neuvième siècle
[Termes IGN] France (géographie physique)
[Termes IGN] génétique forestière
[Termes IGN] Quercus sessiliflora
[Termes IGN] vingt-et-unième siècle
[Termes IGN] vingtième siècle
[Vedettes matières IGN] BotaniqueRésumé : (auteur) The pace of tree microevolution during Anthropocene warming is largely unknown. We used a retrospective approach to monitor genomic changes in oak trees since the Little Ice Age (LIA). Allelic frequency changes were assessed from whole-genome pooled sequences for four age-structured cohorts of sessile oak (Quercus petraea) dating back to 1680, in each of three different oak forests in France. The genetic covariances of allelic frequency changes increased between successive time periods, highlighting genome-wide effects of linked selection. We found imprints of parallel linked selection in the three forests during the late LIA, and a shift of selection during more recent time periods of the Anthropocene. The changes in allelic covariances within and between forests mirrored the documented changes in the occurrence of extreme events (droughts and frosts) over the last 300 years. The genomic regions with the highest covariances were enriched in genes involved in plant responses to pathogens and abiotic stresses (temperature and drought). These responses are consistent with the reported sequence of frost (or drought) and disease damage ultimately leading to the oak dieback after extreme events. They provide support for adaptive evolution of long-lived species during recent climatic changes. Although we acknowledge that other sources (e.g., gene flow, generation overlap) may have contributed to temporal covariances of allelic frequency changes, the consistent and correlated response across the three forests lends support to the existence of a systematic driving force such as natural selection. Numéro de notice : A2022-076 Affiliation des auteurs : IGN+Ext (2020- ) Thématique : BIODIVERSITE/FORET Nature : Article nature-HAL : ArtAvecCL-RevueIntern DOI : 10.1002/evl3.269 Date de publication en ligne : 05/01/2022 En ligne : https://doi.org/10.1002/evl3.269 Format de la ressource électronique : URL article Permalink : https://documentation.ensg.eu/index.php?lvl=notice_display&id=99572
in Evolution letters > vol 6 n° 1 (February 2022) . - pp 4 - 20[article]Conservation zones increase habitat heterogeneity of certified Mediterranean oak woodlands / Teresa Mexia in Forest ecology and management, vol 504 (January-15 2022)
[article]
Titre : Conservation zones increase habitat heterogeneity of certified Mediterranean oak woodlands Type de document : Article/Communication Auteurs : Teresa Mexia, Auteur ; Xavier Lecomte, Auteur ; Maria Conceição Caldeira, Auteur ; et al., Auteur Année de publication : 2022 Article en page(s) : n° 119811 Note générale : bibliographie Langues : Anglais (eng) Descripteur : [Termes IGN] biométrie
[Termes IGN] certification forestière
[Termes IGN] chênaie
[Termes IGN] conservation des ressources forestières
[Termes IGN] écosystème forestier
[Termes IGN] forêt méditerranéenne
[Termes IGN] gestion forestière durable
[Termes IGN] Portugal
[Termes IGN] Quercus suber
[Termes IGN] régénération (sylviculture)
[Termes IGN] sous-étage
[Termes IGN] sylvopastoralisme
[Vedettes matières IGN] Ecologie forestièreRésumé : (auteur) Forest certification is a conservation tool, which aims to promote the sustainable management and conservation of forest ecosystems. Establishing set-aside or lower intervention conservation zones to promote biodiversity conservation is a requisite of forest certification. We tested the effects of conservation zones on the tree biometrics and regeneration, as well as on the taxonomic, functional, and structural diversity of the shrub and herb understory, in Mediterranean oak woodlands. We also assessed how oak biometrics, regeneration and understory diversity varied among conservation zones established 10, 14, and 20 years before our sampling dates. Oak regeneration tended to be higher in conservation zones than in controls, but results varied with the age of conservation zones. For example, the abundance of oak seedlings and saplings was higher in 10-year-old conservation zones than in those established 20 years ago. Abundance of young oak trees was higher in 14-year-old conservation zones than in 10- and 20-year-old conservation zones. The understory vertical diversity was significantly higher in 14- and 20-year-old conservation zones than in controls. Functional diversity differed significantly between conservation zones and controls, with a higher abundance of late-successional shrubs, namely fleshy-fruited species in 20-year-old conservation zones. The plant species composition of the shrub and the herb understory was most dissimilar between older conservation zones and controls. Additionally, the cover and diversity of the understory herb species decreased with the age of conservation zones. Conservation zones implemented under forest certification increase habitat structural complexity of oak woodlands, which may benefit wildlife species, but there will be trade-offs with the cover and diversity of the herb understory. Forest managers must evaluate such trade-offs when establishing conservation zones in cork oak woodlands under forest certification schemes. Numéro de notice : A2022-019 Affiliation des auteurs : non IGN Thématique : BIODIVERSITE/FORET Nature : Article DOI : 10.1016/j.foreco.2021.119811 Date de publication en ligne : 02/11/2021 En ligne : https://doi.org/10.1016/j.foreco.2021.119811 Format de la ressource électronique : URL article Permalink : https://documentation.ensg.eu/index.php?lvl=notice_display&id=99213
in Forest ecology and management > vol 504 (January-15 2022) . - n° 119811[article]Above-ground biomass estimation in a Mediterranean sparse coppice oak forest using Sentinel-2 data / Fardin Moradi in Annals of forest research, vol 65 n° 1 (January - June 2022)
[article]
Titre : Above-ground biomass estimation in a Mediterranean sparse coppice oak forest using Sentinel-2 data Type de document : Article/Communication Auteurs : Fardin Moradi, Auteur ; Seyed Mohammad Moein Sadeghi, Auteur ; Hadi Beygi Heidarlou, Auteur ; et al., Auteur Année de publication : 2022 Article en page(s) : pp 165 - 182 Note générale : bibliographie Langues : Anglais (eng) Descripteur : [Vedettes matières IGN] Traitement d'image optique
[Termes IGN] allométrie
[Termes IGN] biomasse aérienne
[Termes IGN] classification barycentrique
[Termes IGN] classification par forêts d'arbres décisionnels
[Termes IGN] classification par Perceptron multicouche
[Termes IGN] classification par séparateurs à vaste marge
[Termes IGN] forêt méditerranéenne
[Termes IGN] image proche infrarouge
[Termes IGN] image Sentinel-MSI
[Termes IGN] indice de végétation
[Termes IGN] Iran
[Termes IGN] Quercus brantii
[Termes IGN] taillisRésumé : (auteur) Implementing a scheduled and reliable estimation of forest characteristics is important for the sustainable management of forests. This study aimed at evaluating the capability of Sentinel-2 satellite data to estimate above-ground biomass (AGB) in coppice forests of Persian oak (Quercus brantii var. persica) located in Western Iran. To estimate the AGB, field data collection was implemented in 80 square plots (40×40 m, area of 1600 m2). Two diameters of the crown were measured and used to calculate the AGB of each tree based on allometric equations. Then, the performance of satellite data in estimating the AGB was evaluated for the area of study using the field-based AGB (dependent variable) as well as the spectral band values, spectrally-derived vegetation indices (independent variables) and four machine learning (ML) algorithms: MultiLayer Perceptron Artificial Neural Network (MLPNN), k-Nearest Neighbor (kNN), Random Forest (RF), and Support Vector Regression (SVR). A five-fold cross-validation was used to verify the effectiveness of models. Examination of the Pearson’s correlation coefficient between AGB and the extracted values showed that IPVI and NDVI vegetation indices had the highest correlation with AGB (r = 0.897). The results indicated that the MLPNN algorithm was the best ML option (RMSE = 1.71 t ha-1; MAE = 1.37 t ha-1; relative RMSE = 24.75%; R2 = 0.87) in estimating the AGB, providing new insights on the capability of remotely sensed-based AGB modeling of sparse Mediterranean forest ecosystems in an area with limited number of field sample plots. Numéro de notice : A2022-876 Affiliation des auteurs : non IGN Thématique : FORET/IMAGERIE Nature : Article DOI : 10.15287/afr.2022.2390 Date de publication en ligne : 29/06/2022 En ligne : https://doi.org/10.15287/afr.2022.2390 Format de la ressource électronique : URL article Permalink : https://documentation.ensg.eu/index.php?lvl=notice_display&id=102180
in Annals of forest research > vol 65 n° 1 (January - June 2022) . - pp 165 - 182[article]Beech and hornbeam dominate oak 20 years after the creation of storm-induced gaps / Lucie Dietz in Forest ecology and management, vol 503 (January-1 2022)
[article]
Titre : Beech and hornbeam dominate oak 20 years after the creation of storm-induced gaps Type de document : Article/Communication Auteurs : Lucie Dietz, Auteur ; Jean-Claude Gégout, Auteur ; Jean-Luc Dupouey, Auteur ; et al., Auteur Année de publication : 2022 Article en page(s) : n° 119758 Note générale : bibliographie Langues : Anglais (eng) Descripteur : [Termes IGN] Carpinus betulus
[Termes IGN] croissance des arbres
[Termes IGN] Fagus sylvatica
[Termes IGN] France (administrative)
[Termes IGN] gestion forestière adaptative
[Termes IGN] peuplement forestier
[Termes IGN] Quercus pedunculata
[Termes IGN] Quercus sessiliflora
[Termes IGN] régénération (sylviculture)
[Termes IGN] tempête
[Termes IGN] tempête Lothar de 1999
[Vedettes matières IGN] SylvicultureRésumé : (auteur) Oak (Quercus petraea (Matt.) Liebl. and Quercus robur L. grouped), European beech (Fagus sylvatica L.) and hornbeam (Carpinus betulus L.) are three major species of western and central European forests. When conditions are suitable for the three species, silvicultural management often favours oak because of its greater economic interest. Forest managers know that beech and hornbeam are strong competitors for oak during the regeneration phase, but the conditions that influence the relative success of the regeneration of the three species growing in mixture are still poorly characterised. The natural regeneration of the three species 20 years after canopy openings was studied based on 108 study sites established in 2001 in French forests impacted by the windstorms Lothar and Martin in 1999. In spring and summer 2018 and 2019, all saplings over 0.1 m in height were counted, species were identified and diameter at breast height (DBH) was measured for all saplings over 1.30 m. The height of the saplings with the highest and median DBH in each plot was recorded for each species. Mixed models were used to analyse the combined effects of former stand type, distance from the edge of the gap and soil conditions on species presence, sapling abundance, DBH and height. The modelling approach highlighted the preponderant role of the initial seed rain on the presence and sapling density of the three species compared to interspecific competition or distance from the edge. The two latter factors had a secondary effect on sapling DBH and height. Beech and hornbeam saplings were more abundant than oak saplings regardless of soil conditions (on average, 3097, 3063 and 344 saplings ha−1, respectively), suggesting a strong competitive ability of these two species. Oak was present on 22% (43% for hornbeam and 68% for beech) of the studied plots, at a low density but with a height and DBH similar to that of beech or hornbeam. This result highlights the high dissemination capacity of beech and hornbeam, which prevents the establishment of a stand dominated by oak. When seeking to obtain oak-dominated stands in the lowlands of Europe, the abundance of beech and hornbeam can be a limiting factor that could lead to the disappearance of oak from large areas if no silvicultural operations are performed to promote it. Numéro de notice : A2022-012 Affiliation des auteurs : non IGN Thématique : FORET Nature : Article DOI : 10.1016/j.foreco.2021.119758 Date de publication en ligne : 09/10/2021 En ligne : https://doi.org/10.1016/j.foreco.2021.119758 Format de la ressource électronique : URL article Permalink : https://documentation.ensg.eu/index.php?lvl=notice_display&id=99069
in Forest ecology and management > vol 503 (January-1 2022) . - n° 119758[article]Effets des bryophytes sur les microsites de régénération forestière en climat tempéré / Laura Chevaux (2022)
Titre : Effets des bryophytes sur les microsites de régénération forestière en climat tempéré : implications pour la régénération naturelle de Pinus sylvestris et Quercus petraea en forêt mélangée Type de document : Thèse/HDR Auteurs : Laura Chevaux, Auteur ; Philippe Balandier, Directeur de thèse ; Anders Mårell, Directeur de thèse Editeur : Orléans : Université d'Orléans Année de publication : 2022 Importance : 192 p. Format : 21 x 30 cm Note générale : Bibliographie
Thèse pour obtenir le grade de Docteur de L'Université d'Orléans, Spécialité EcologieLangues : Français (fre) Anglais (eng) Descripteur : [Termes IGN] Bryophyte
[Termes IGN] climat tempéré
[Termes IGN] croissance des arbres
[Termes IGN] flore locale
[Termes IGN] Orléans, forêt domaniale d' (Loiret)
[Termes IGN] phytoécologie
[Termes IGN] Pinus sylvestris
[Termes IGN] Quercus sessiliflora
[Termes IGN] régénération (sylviculture)
[Vedettes matières IGN] Ecologie forestièreIndex. décimale : THESE Thèses et HDR Résumé : (Auteur) L’ensemble des conditions environnementales nécessaires à la régénération forestière naturelle constitue un microsite favorable pour la germination des graines et la croissance des semis. Parmi ces microsites, les bryophytes terricoles représentent un support important, présent dans la quasi-totalité des écosystèmes. De plus, les bryophytes ont un rôle important sur le recrutement de certaines plantes vasculaires dans les forêts tempérées. Les bryophytes terricoles, par l’expression de certains traits morphologiques comme la densité ou l’épaisseur du tapis, peuvent modifier les microsites de régénération en modulant les températures, l'humidité et l’accès aux nutriments du sol (théorie des filtres). Cependant, les interactions entre la régénération forestière arborée et les bryophytes restent méconnues. Afin de mieux comprendre les interactions entre les bryophytes et la régénération, nous avons étudié les effets généraux des strates de végétation et des bryophytes sur la régénération forestière naturelle dans un système causal (Modèle d’Équations Structurelles) sur un réseau national de placettes d’observation. Dans un deuxième temps, nous avons réalisé un suivi de régénération en forêt mélangée sur un réseau régional de placettes expérimentales pour identifier les effets des bryophytes sur la croissance et la survie des semis de chêne sessile (Quercus petraea) et pin sylvestre (Pinus sylvestris). Nous avons également essayé d’évaluer les effets de deux espèces de bryophytes fonctionnellement différentes sur les conditions abiotiques du microsite en réalisant des suivis de température, d’humidité et de lumière in situ. Enfin, nous avons réalisé une expérimentation en conditions semi-contrôlées en serre pour suivre la germination et la croissance du chêne et du pin sur des tapis de bryophytes ainsi que sur le sol nu, en fonction de deux humidités atmosphériques et de deux humidités édaphiques. Nous montrons et discutons qu’en fonction de leurs traits fonctionnels, les différentes espèces de bryophytes n’ont pas le même effet sur l’installation, la croissance ou le taux de survie des semis. Les bryophytes peuvent avoir un effet de barrière physique mais jouent également un rôle sur l’humidité dans les microsites de régénération. Les bryophytes terricoles filtreraient différentes espèces arborées notamment selon la taille de leur graine. Note de contenu :
Introduction générale : Etat de l’art
- Régénération du matériel végétal
- Les bryophytes
- Synthèse bibliographique sur les effets des bryophytes sur la régénération
- Conclusion – Effet des bryophytes sur les conditions abiotiques des microsites favorables à la régénération
- Problématique et hypothèses générales de la thèse
Chapitre 1 : Effets directs et indirects des strates de végétation et des bryophytes sur la régénération forestière - Direct and indirect effects of vegetation layers and bryophytes on forest regeneration
1.1 Introduction
1.2 Methods
1.3 Results
1.4 Discussion
Chapitre 2 : Effets des bryophytes sur la survie et croissance de la régénération de Pinus sylvestris et Quercus petraea en forêt mélangée d’Orléans
2.1 Introduction
2.2 Méthodes
2.3 Résultats
2.4 Discussion
Chapitre 3 : Identifier les conditions microclimatiques dans les tapis de bryophytes qui pourraient avoir un rôle sur la régénération
Préambule
3.1 Introduction
3.2 Méthodes
3.3 Résultats
3.4 Discussion
Chapitre 4 : Identifier les effets des bryophytes sur la régénération et l’installation des semis (ex situ)
Préambule
4.1 Introduction
4.2 Méthodes
4.3 Résultats
4.4 Discussion
Discussion générale, perspectives, conclusion
- Rappel des hypothèses de travail et synthèses des résultats
- Intérêts de la prise en compte des bryophytes dans les études sur la régénération forestière naturelle
- Limites et autres facteurs à intégrer pour une meilleure compréhension des effets des bryophytes
- Implications pour l’étude des échecs de la régénération forestière naturelle
- Apports méthodologiques de l’étude
- Perspectives
- ConclusionNuméro de notice : 26951 Affiliation des auteurs : non IGN Autre URL associée : http://www.theses.fr/s264832 Thématique : BIODIVERSITE/FORET Nature : Thèse française Note de thèse : Thèse de Doctorat : Ecologie : Orléans : 2022 Organisme de stage : Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement INRAE DOI : sans Date de publication en ligne : 11/01/2023 En ligne : https://hal.inrae.fr/tel-03740186v1/document Format de la ressource électronique : URL Permalink : https://documentation.ensg.eu/index.php?lvl=notice_display&id=102429 PermalinkFungal perspective of pine and oak colonization in Mediterranean degraded ecosystems / Irene Adamo in Forests, vol 13 n° 1 (January 2022)PermalinkGenetic diversity of sessile oak populations in the Czech Republic / Jakub Dvořák in Journal of forest science, vol 68 n° 1 (January 2022)PermalinkNew insights in the modeling and simulation of tree and stand level variables in Mediterranean mixed forests in the present context of climate change / Diego Rodríguez de Prado (2022)PermalinkClimate warming-induced replacement of mesic beech by thermophilic oak forests will reduce the carbon storage potential in aboveground biomass and soil / Jan Kasper in Annals of Forest Science, vol 78 n° 4 (December 2021)PermalinkImproving the Fagacées growth model with an expanded common beech (Fagus sylvatica L.) data series from France and Germany / Gilles Le Moguédec in Annals of Forest Science, vol 78 n° 4 (December 2021)PermalinkModelling bark volume for six commercially important tree species in France: assessment of models and application at regional scale / Rodolphe Bauer in Annals of Forest Science, vol 78 n° 4 (December 2021)PermalinkRadiative transfer modeling in structurally complex stands: towards a better understanding of parametrization / Frédéric André in Annals of Forest Science, vol 78 n° 4 (December 2021)PermalinkForest type matters: Global review about the structure of oak dominated old-growth temperate forests / Janos Bölöni in Forest ecology and management, vol 500 (November-15 2021)PermalinkAssessing the land expectation value of even-aged vs coppice-with-standards stand management and long-term effects of whole-tree harvesting on forest productivity and profitability / Abdelwahad Bessaad in Annals of Forest Science, vol 78 n° 3 (September 2021)Permalink