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Epidémiologie et géographie / Marc Souris (2019)

Public Titre : Epidémiologie et géographie : principes, méthodes et outils de l'analyse spatiale Type de document : Guide/Manuel Auteurs : Marc Souris, Auteur ; Florent Demoraes, Préfacier, etc. Editeur : Londres : ISTE Editions Année de publication : 2019 Collection : Systèmes d'information, web et société Importance : 276 p. Format : 16 x 24 cm ISBN/ISSN/EAN : 978-1-78405-573-8 Note générale : Glossaire et bibliographie Langues : Français (fre) Descripteur : [Vedettes matières IGN] Analyse spatiale [Termes descripteurs IGN] analyse spatio-temporelle [Termes descripteurs IGN] données spatiotemporelles [Termes descripteurs IGN] épidémie [Termes descripteurs IGN] modélisation spatio-temporelle [Termes descripteurs IGN] représentation cartographique [Termes descripteurs IGN] risque sanitaire Index. décimale : 37.20 Analyse spatiale et ses outils Résumé : (Editeur) Les phénomènes de santé impliquent très souvent des relations spatiales et temporelles entre les individus et des facteurs de risque liés à la géographie et à l’environnement. L’utilisation de la localisation dans l’analyse et la compréhension des phénomènes de santé est donc essentielle. Épidémiologie et géographie propose une vue d’ensemble des objectifs, des principes, des méthodes et des outils de l’analyse spatiale et des systèmes d’information géographique appliqués au domaine de la santé. Il constitue une introduction pratique à l’analyse spatio-temporelle pour l’épidémiologie et la géographie de la santé, avec une approche pédagogique illustrée par des exemples concrets. Cet ouvrage présente un aperçu simple et complet de l’utilisation de l’analyse spatiale pour les étudiants en épidémiologie, les professionnels de santé publique, les épidémiologistes, les géographes de la santé et les spécialistes en études de santé-environnement. Note de contenu : 1. Contexte méthodologique 2. Analyse spatiale d’un phénomène de santé : principes généraux 3. Données spatialisées en santé 4. Représentations cartographiques et outils de synthèse 5. Analyse de la distribution spatiale 6. Analyse spatiale du risque 7. Analyses et modélisations spatio-temporelles Numéro de notice : 26027 Thématique : GEOMATIQUE Nature : Monographie Permalink : https://documentation.ensg.eu/index.php?lvl=notice_display&id=92782

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26027-01	37.20	Livre	Centre de documentation	Géomatique	Disponible

Spatial discontinuities, health and mobility - What do the Google's POIs and tweets tell us about Bangkok's (Thailand) structures and spatial dynamics? / Alexandre Cebeillac in Revue internationale de géomatique, vol 28 n° 4 (octobre - décembre 2018)  

Public [article]  inRevue internationale de géomatique > vol 28 n° 4 (octobre - décembre 2018) . - pp 389 - 407 Titre : Spatial discontinuities, health and mobility - What do the Google's POIs and tweets tell us about Bangkok's (Thailand) structures and spatial dynamics? Titre original : Que nous enseignent les Google POI et les tweets sur les structures et les dynamiques spatiels de Bangkok (Thailande) ? Type de document : Article/Communication Auteurs : Alexandre Cebeillac, Auteur ; Eric Daudé, Auteur ; Alain Vaguet, Auteur Année de publication : 2018 Article en page(s) : pp 389 - 407 Note générale : bibliographie Langues : Français (fre) Descripteur : [Vedettes matières IGN] Analyse spatiale [Termes descripteurs IGN] accès aux données localisées [Termes descripteurs IGN] Bangkok (Thaïlande) [Termes descripteurs IGN] cartographie des risques [Termes descripteurs IGN] contenu généré par les utilisateurs [Termes descripteurs IGN] données issues des réseaux sociaux [Termes descripteurs IGN] données spatiotemporelles [Termes descripteurs IGN] dynamique spatiale [Termes descripteurs IGN] épidémie [Termes descripteurs IGN] Google Apps [Termes descripteurs IGN] migration pendulaire [Termes descripteurs IGN] mobilité urbaine [Termes descripteurs IGN] OpenStreetMap [Termes descripteurs IGN] santé [Termes descripteurs IGN] trace numérique [Termes descripteurs IGN] ville Résumé : (auteur) Cet article étudie les fortes discontinuités spatiales dans les métropoles asiatiques et de leurs effets potentiels sur les populations en termes de santé. Les facteurs d’exposition aux risques varient en effet dans la vie des individus, que ce soit sur le temps long des migrations résidentielles ou le temps courts des mobilités quotidiennes. Dans le contexte des épidémies de dengue, c’est cette seconde modalité de la mobilité urbaine qui nous intéresse, car elle contribue à différencier les expositions au virus entre individus, au-delà de celles liées à leurs seuls lieux de résidence. Cette réflexion s’appuie sur l’exploration de jeux de données originaux qui permettent désormais de mieux caractériser les structures et les dynamiques dans des villes où le chercheur ne disposait pas, il y encore peu, de données spatialisées. La diffusion d’Internet, des smartphones et des applications ouvrant à la géolocalisation, a en effet contribué à renouveler les opportunités de recueil de données pour les chercheurs. Nous proposons dans cet article d’explorer les données issues de Google POI (Point Of Interest) et du réseau social Twitter pour dresser une typologie des activités de la ville de Bangkok et pour mieux en mesurer les pulsations par les mobilités quotidiennes qui s’y exercent. Numéro de notice : A2018-563 Thématique : GEOMATIQUE Nature : Article nature-HAL : ArtAvecCL-RevueIntern DOI : 10.3166/rig.2018.00062 date de publication en ligne : 18/03/2019 En ligne : https://doi.org/10.3166/rig.2018.00062 Format de la ressource électronique : URL article Permalink : https://documentation.ensg.eu/index.php?lvl=notice_display&id=92228 [article]

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Adapting an existing semi-automatized image processing chain to enable Sentinel-2 data classification. / Hiyam Elbadri (2018) 

Public Titre : Adapting an existing semi-automatized image processing chain to enable Sentinel-2 data classification. Type de document : Mémoire Auteurs : Hiyam Elbadri, Auteur Editeur : Champs-sur-Marne : Ecole nationale des sciences géographiques ENSG Année de publication : 2018 Importance : 56 p. Format : 21 x 30 cm Note générale : bibliographie Rapport de projet pluridisciplinaire, cycle Ingénieur 2e année Langues : Français (fre) Descripteur : [Vedettes matières IGN] Applications de télédétection [Termes descripteurs IGN] analyse d'image orientée objet [Termes descripteurs IGN] carte thématique [Termes descripteurs IGN] chaîne de traitement [Termes descripteurs IGN] classification barycentrique [Termes descripteurs IGN] classification non dirigée [Termes descripteurs IGN] classification par forêts aléatoires [Termes descripteurs IGN] classification par séparateurs à vaste marge [Termes descripteurs IGN] épidémie [Termes descripteurs IGN] GRASS [Termes descripteurs IGN] image Sentinel-MSI [Termes descripteurs IGN] maladie parasitaire [Termes descripteurs IGN] Ouganda [Termes descripteurs IGN] Python (langage de programmation) [Termes descripteurs IGN] R (langage) [Termes descripteurs IGN] restauration d'image [Termes descripteurs IGN] risque sanitaire [Termes descripteurs IGN] segmentation d'image [Termes descripteurs IGN] zone à risque Index. décimale : PROJET Rapports de projet - stage des ingénieurs de 2e année Résumé : (auteur) Dans un contexte d’une crise épidémiologique dans les villes d’Afrique sub-saharienne, suivie d’une urbanisation croissante, il paraît essentiel de souligner les facteurs clés au développement de plusieurs maladies. C’est dans ce contexte que le projet REACT existe. Ce dernier a pour but de développer des outils afin de faciliter l’étude des maladies contagieuses telle que la malaria avec des techniques de télédétection. Dans le cadre de ce projet, mon rôle était de créer une chaîne automatisée pour des données de Sentinel 2. En premier lieu, il faut les télécharger puis les pré-traiter pour enfin terminer avec une chaîne déjà existante que je devais adapter et qui permet la classification des données Sentinel 2. Les deux chaînes ont été implémentées via un programme Python et se fondent sur l’utilisation de logiciels libres tels que Grass GIS et R. Dans le cadre du projet, l’étude est appliquée à la ville de Kampala dans l’Ouganda, ville présentant les caractéristiques citées précédemment. Cartographier une zone hétérogène telle que Kampala en utilisant des techniques liées à l’"Object Based Image Analysis" est une méthode efficace pour améliorer notre compréhension de la maladie de la malaria et ce, dans un but d’avoir une meilleure prévisibilité. On obtiendra d’abord une segmentation optimale en utilisant une approche non supervisée. Ensuite, en utilisant une classification liée à cette maladie, nous allons classifier notre image en utilisant 3 classifieurs : SVM Radial, Random Forest et K-nearest Neighbor. S’en suivra une analyse de la précision obtenue pour ces 3 classifieurs. Les résultats seront interprétés de telle sorte qu’on pourra en déduire où se situent les zones à risque de la maladie dans la zone d’étude englobant la ville de Kampala et ses environs. Note de contenu : Introduction 1- Internship Description 2- Data, Methods and Tools 3- Case Study 4- Results Conclusion Numéro de notice : 21826 Thématique : IMAGERIE Nature : Mémoire de projet pluridisciplinaire Organisme de stage : IGEAT (Université Libre de Bruxelles) Permalink : https://documentation.ensg.eu/index.php?lvl=notice_display&id=91333

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Automatisation de l’acquisition et du traitement des images Sentinel-2 pour le calcul d’indices de végétation aidant à la prévention des pics de paludisme à Madagascar / Charlotte Wolff (2017)

Public Titre : Automatisation de l’acquisition et du traitement des images Sentinel-2 pour le calcul d’indices de végétation aidant à la prévention des pics de paludisme à Madagascar Type de document : Mémoire Auteurs : Charlotte Wolff, Auteur Editeur : Champs-sur-Marne : Ecole nationale des sciences géographiques ENSG Année de publication : 2017 Importance : 64 p. Format : 21 x 30 cm Note générale : Bibliographie Mémoire de fin d'études, cycle des ingénieurs ENSG 3ème année, master PPMD Langues : Français (fre) Descripteur : [Vedettes matières IGN] Applications de télédétection [Termes descripteurs IGN] base de données localisées [Termes descripteurs IGN] Geospatial data abstraction library [Termes descripteurs IGN] image multibande [Termes descripteurs IGN] image Sentinel-MSI [Termes descripteurs IGN] indice de végétation [Termes descripteurs IGN] Linux [Termes descripteurs IGN] Madagascar [Termes descripteurs IGN] maladie parasitaire [Termes descripteurs IGN] masque [Termes descripteurs IGN] Orfeo Tool Box [Termes descripteurs IGN] Python (langage de programmation) [Termes descripteurs IGN] QGIS [Termes descripteurs IGN] restauration d'image [Termes descripteurs IGN] série temporelle [Termes descripteurs IGN] surveillance sanitaire Index. décimale : MPPMD Mémoires de mastère spécialisé Photogrammétrie, Positionnement et Mesures de Déformation Résumé : (Auteur) Dans des pays africains en voie de développement, tels Madagascar ou l’Afrique du Sud, le taux de mortalité lié aux maladies infectieuses est en constante diminution. Pourtant, le paludisme persiste. Pour gérer les épisodes de pics épidémiques, les autorités sanitaires développent des systèmes de surveillance basés sur l’acquisition en temps réel de données sur les cas de paludisme recensés par des agents présents sur le terrain et corrélées à des données environnementales acquises par satellite. L’Institut Pasteur de Madagascar a développé notamment un système de détection précoce et de prédiction des épidémies de paludisme à partir du système de surveillance sentinelle des maladies à potentiel épidémique et de données environnementales à basse résolution. Les données Sentinel-2, dont la résolution atteint 10m et dont la fréquence d’acquisition est de 5 jours, permettrait de compléter cette application. Mon stage de fin d’études réalisé avec l’UMR Espace-Dev, au sein des locaux de SEAS-OI à Saint-Pierre de La Réunion a donc pour objectif de tester et de comparer les différentes chaînes d’acquisition et de traitement des images Sentinel-2, permettant de les corriger de l’effet de l’atmosphère et de créer un masque de nuages. Les chaînes testées sont Sen2cor, MAJA et MUSCATE. Sen2cor donne des résultats moins bons que les deux autres chaînes mais qui restent suffisants pour l’utilisation que l’on veut en faire, d’autant que la chaîne de traitement Sen2cor est plus facile à prendre en main et ne nécessite pas de profondeur historique des images pour fonctionner, comme c’est le cas avec MAJA et MUSCATE. Les images téléchargées et traitées sont ensuite rangées dans une base de données et des images d’indices -de végétation dans un premier temps- sont calculées et rangées à leur tour dans la base de données. Ces indices sont utilisés pour créer des fichiers de séries temporelles facilement utilisables par l’Institut Pasteur de Madagascar pour aider à prédire les pics de paludisme sur le territoire malgache. Le produit attendu a été défini lors d’un séjour de cinq jours à l’institut, situé à Antananarivo, capitale de Madagascar. Puis dans un deuxième temps, les images des indices ont été intégrées au catalogue en ligne du SEAS-OI pour pouvoir dans le futur télécharger à distance les images traitées si besoin. L’automatisation a été réalisée sous un environnement Linux, avec des scripts codés en bash (Linux) ou en Python. Des librairies telles que Orpheo ToolBox et GDAL ont été utilisées. Note de contenu : INTRODUCTION CH 1 DEROULEMENT DU STAGE 1.1 Les objectifs du stage 1.2 Les organismes d’accueil 1.3 La gestion de projet CH 2 ACQUISITION ET CHOIX DU PRE-TRAITEMENT DES IMAGES 2.1 Caractéristiques des images Sentinel-2 2.2 Acquisition des images Sentinel-2 2.3 Logiciels de prétraitement des images 2.4 Comparaison et choix de la chaîne de prétraitement 2.5 Création du masque des nuages CH 3 AUTOMATISATION DE L'ACQUISITION ET DU PRE-TRAITEMENT DES IMAGES 3.1 Organisation de la base de données 3.2 Acquisition et traitement des données déjà disponibles 3.3 Automatisation pour l’acquisition des données futures 3.4 Ajout de nouveaux indices CH 4 REQUETES DANS LA BASE DE DONNEES 4.1 Format des séries temporelles pour répondre aux besoins de l’IPM 4.2 Développement du code 4.3 Résultats et comparaison avec les données MODIS 4.4 Produits complémentaires CONCLUSION Numéro de notice : 22906 Thématique : FORET/IMAGERIE Nature : Mémoire de fin d'études IT Note de thèse : Mémoire de fin d'études : Sciences géographiques : Champs/Marne, ENSG : 2017 Organisme de stage : UMR Espace pour le Développement (Institut Pasteur de Madagascar) Permalink : https://documentation.ensg.eu/index.php?lvl=notice_display&id=89685

Evaluating data stability in aggregation structures across spatial scales: revisiting the modifiable areal unit problem / Jonathan K. Nelson in Cartography and Geographic Information Science, Vol 44 n° 1 (January 2017)  

Public [article]  inCartography and Geographic Information Science > Vol 44 n° 1 (January 2017) . - pp 35 - 50 Titre : Evaluating data stability in aggregation structures across spatial scales: revisiting the modifiable areal unit problem Type de document : Article/Communication Auteurs : Jonathan K. Nelson, Auteur ; Cynthia A. Brewer, Auteur Année de publication : 2017 Article en page(s) : pp 35 - 50 Note générale : bibliographie Langues : Anglais (eng) Descripteur : [Vedettes matières IGN] Analyse spatiale [Termes descripteurs IGN] analyse diachronique [Termes descripteurs IGN] exploration de données géographiques [Termes descripteurs IGN] maladie non infectieuse [Termes descripteurs IGN] mise à l'échelle [Termes descripteurs IGN] Pennsylvanie (Etats-Unis) [Termes descripteurs IGN] problème d'unité zonale modifiable [Termes descripteurs IGN] regroupement de données Résumé : (auteur) Socioeconomic and health analysts commonly rely on areally aggregated data, in part because government regulations on confidentiality prohibit data release at the individual level. Analytical results from areally aggregated data, however, are sensitive to the modifiable areal unit problem (MAUP). Levels of aggregation as well as the arbitrary and modifiable sizes, shapes, and arrangements of zones affect the validity and reliability of findings from analyses of areally aggregated data. MAUP, long acknowledged, remains unresolved. We present an exploratory spatial data analytical approach (ESDA) to understand the scalar effects of MAUP. To characterize relationships between data aggregation structures and spatial scales, we develop a method for statistically and visually exploring the local indicators of spatial association (LISA) exhibited between a variable and itself across varying levels of aggregation. We demonstrate our approach by analyzing the across-scale relationships of aggregated 2010 median income for the State of Pennsylvania and 2005–2009 cancer diagnosis rates for the State of New York between county–tract, tract–block group, and county–block group level US census designated enumeration units. This method for understanding the relationship between MAUP and spatial scale provides guidance to researchers in selecting the most appropriate scales to aggregate, analyze, and represent data for problem-specific analyses. Numéro de notice : A2017-100 Thématique : GEOMATIQUE Nature : Article DOI : 10.1080/15230406.2015.1093431 En ligne : https://doi.org/10.1080/15230406.2015.1093431 Format de la ressource électronique : URL article Permalink : https://documentation.ensg.eu/index.php?lvl=notice_display&id=84479 [article]

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Fast and accurate target detection based on multiscale saliency and active contour model for high-resolution SAR images / Song Tu in IEEE Transactions on geoscience and remote sensing, vol 54 n° 10 (October 2016)  

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Un outil de visualisation d’ontologies pour le web des données, utilisable par tous / Fatma Ghorbel in Ingénierie des systèmes d'information, ISI : Revue des sciences et technologies de l'information, RSTI, vol 21 n° 5 - 6 (septembre - décembre 2016)  

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Scabies among the French armed forces in 2015 / Constance Brossier in Journal of infection, vol 73 n° 3 (September 2016)  

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Ash to ashes? / David Roderick in GEO: Geoconnexion international, vol 15 n° 5 (May 2016)

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Movement analysis of free-grazing domestic ducks in Poyang Lake, China: a disease connection / Dian J. Prosser in International journal of geographical information science IJGIS, vol 30 n° 5-6 (May - June 2016)  

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Supporting polio eradication with Pléiades satellite imagery : reaching every household in Nigeria / Frédérique Coumans in GIM international [en ligne], vol 30 n° 5 (May 2016)

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The pine shoot beetle Tomicus piniperda as a plausible vector of Fusarium circinatum in northern Spain / Diana Bezos in Annals of Forest Science [en ligne], vol 72 n° 8 (December 2015)  

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CNES strategy: satellite data and modelling for public health: towards a cooperation with NASA / Murielle Lafaye in Geocarto international, vol 29 n° 5 - 6 (August - October 2014)  

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Oak powdery mildew changes growth patterns in its host tree: host tolerance response and potential manipulation of host physiology by the parasite / Marie-Laure Desprez-Loustau in Annals of Forest Science, vol 71 n° 5 (July - August 2014)  

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Cartes en mains contre Lili la tigresse / Françoise de Blomac in DécryptaGéo le mag, n° 152 (01/12/2013)

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