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Early detection of forest stress from European spruce bark beetle attack, and a new vegetation index: Normalized distance red & SWIR (NDRS) / Langning Huo in Remote sensing of environment, Vol 255 (March 2021)  

Public [article]  inRemote sensing of environment > Vol 255 (March 2021) . - n° 112240 Titre : Early detection of forest stress from European spruce bark beetle attack, and a new vegetation index: Normalized distance red & SWIR (NDRS) Type de document : Article/Communication Auteurs : Langning Huo, Auteur ; Henrik J. Persson, Auteur ; Eva Lindberg, Auteur Année de publication : 2021 Article en page(s) : n° 112240 Note générale : bibliographie Langues : Anglais (eng) Descripteur : [Vedettes matières IGN] Applications de télédétection [Termes descripteurs IGN] bande infrarouge [Termes descripteurs IGN] écho radar [Termes descripteurs IGN] houppier [Termes descripteurs IGN] image Sentinel-MSI [Termes descripteurs IGN] image Sentinel-SAR [Termes descripteurs IGN] indice de stress [Termes descripteurs IGN] indice de végétation [Termes descripteurs IGN] insecte nuisible [Termes descripteurs IGN] maladie parasitaire [Termes descripteurs IGN] Picea mariana [Termes descripteurs IGN] Scolytinae [Termes descripteurs IGN] signature spectrale [Termes descripteurs IGN] Suède [Termes descripteurs IGN] vulnérabilité Résumé : (auteur) The European spruce bark beetle (Ips typographus [L.]) is one of the most damaging pest insects of European spruce forests. A crucial measure in pest control is the removal of infested trees before the beetles leave the bark, which generally happens before the end of June. However, stressed tree crowns do not show any significant color changes in the visible spectrum at this early-stage of infestation, making early detection difficult. In order to detect the related forest stress at an early stage, we investigated the differences in radar and spectral signals of healthy and stressed trees. How the characteristics of stressed trees changed over time was analyzed for the whole vegetation season, which covered the period before attacks (April), early-stage infestation (‘green-attacks’, May to July), and middle to late-stage infestation (August to October). The results show that spectral differences already existed at the beginning of the vegetation season, before the attacks. The spectral separability between the healthy and infested samples did not change significantly during the ‘green-attack’ stage. The results indicate that the trees were stressed before the attacks and had spectral signatures that differed from healthy ones. These stress-induced spectral changes could be more efficient indicators of early infestations than the ‘green-attack’ symptoms. In this study we used Sentinel-1 and 2 images of a test site in southern Sweden from April to October in 2018 and 2019. The red and SWIR bands from Sentinel-2 showed the highest separability of healthy and stressed samples. The backscatter from Sentinel-1 and additional bands from Sentinel-2 contributed only slightly in the Random Forest classification models. We therefore propose the Normalized Distance Red & SWIR (NDRS) index as a new index based on our observations and the linear relationship between the red and SWIR bands. This index identified stressed forest with accuracies from 0.80 to 0.88 before the attacks, from 0.80 to 0.82 in the early-stage infestation, and from 0.81 to 0.91 in middle- and late-stage infestations. These accuracies are higher than those attained by established vegetation indices aimed at ‘green-attack’ detection, such as the Normalized Difference Water Index, Ratio Drought Index, and Disease Stress Water Index. By using the proposed method, we highlight the potential of using NDRS with Sentinel-2 images to estimate forest vulnerability to European spruce bark beetle attacks early in the vegetation season. Numéro de notice : A2021-190 Affiliation des auteurs : non IGN Thématique : FORET/IMAGERIE Nature : Article DOI : 10.1016/j.rse.2020.112240 date de publication en ligne : 20/01/2021 En ligne : https://doi.org/10.1016/j.rse.2020.112240 Format de la ressource électronique : url article Permalink : https://documentation.ensg.eu/index.php?lvl=notice_display&id=97111 [article]

Evaluating the impact of declining tsetse fly (Glossina pallidipes) habitat in the Zambezi valley of Zimbabwe / Farai Matawa in Geocarto international, vol 35 n° 12 ([01/09/2020])  

Public [article]  inGeocarto international > vol 35 n° 12 [01/09/2020] . - pp 1373 - 1384 Titre : Evaluating the impact of declining tsetse fly (Glossina pallidipes) habitat in the Zambezi valley of Zimbabwe Type de document : Article/Communication Auteurs : Farai Matawa, Auteur ; Amon Murwira, Auteur ; Peter M. Atkinson, Auteur Année de publication : 2020 Article en page(s) : pp 1373 - 1384 Note générale : bibliographie Langues : Anglais (eng) Descripteur : [Vedettes matières IGN] Analyse spatiale [Termes descripteurs IGN] biodiversité [Termes descripteurs IGN] bovin [Termes descripteurs IGN] couvert végétal [Termes descripteurs IGN] diptère [Termes descripteurs IGN] distance [Termes descripteurs IGN] distribution spatiale [Termes descripteurs IGN] forêt tropicale [Termes descripteurs IGN] habitat d'espèce [Termes descripteurs IGN] maladie parasitaire [Termes descripteurs IGN] Zambèze (fleuve) [Termes descripteurs IGN] Zimbabwe Résumé : (auteur) Tsetse flies transmit trypanosomes that cause Human African Trypanosomiasis (HAT) in humans and African Animal Trypanosomiasis (AAT) in animals. Understanding historical trends in the spatial distribution of tsetse fly habitat is necessary for planning vector control measures. The objectives of this study were (i) to test for evidence of any trends in suitable tsetse fly habitat and (ii) to test whether there is an association between trypanosomiasis detected from livestock sampled in dip tanks and local tsetse habitat in the project area. Results indicate a significant decreasing trend in the amount of suitable habitat. There is no significant correlation between trypanosomiasis prevalence rates in cattle and distance from patches of suitable tsetse habitat. The observed low trypanosomiasis prevalence and the lack of dependence on suitable tsetse fly habitat can be explained by the observed decreases in suitable tsetse habitat, which themselves are due to expansion of settlement and agriculture in North Western Zimbabwe. Numéro de notice : A2020-486 Affiliation des auteurs : non IGN Thématique : GEOMATIQUE Nature : Article nature-HAL : ArtAvecCL-RevueIntern DOI : 10.1080/10106049.2019.1576780 date de publication en ligne : 21/03/2019 En ligne : https://doi.org/10.1080/10106049.2019.1576780 Format de la ressource électronique : url article Permalink : https://documentation.ensg.eu/index.php?lvl=notice_display&id=95653 [article]

Assessment of malaria hazard, vulnerability, and risks in Dire Dawa City Administration of eastern Ethiopia using GIS and remote sensing / Abdinasir Moha in Applied geomatics, vol 12 n° 1 (April 2020)  

Public [article]  inApplied geomatics > vol 12 n° 1 (April 2020) . - pp 15 - 22 Titre : Assessment of malaria hazard, vulnerability, and risks in Dire Dawa City Administration of eastern Ethiopia using GIS and remote sensing Type de document : Article/Communication Auteurs : Abdinasir Moha, Auteur ; Molla Maru, Auteur ; Tebarek Lika, Auteur Année de publication : 2020 Article en page(s) : pp 15 - 22 Note générale : bibliographie Langues : Anglais (eng) Descripteur : [Vedettes matières IGN] Applications de télédétection [Termes descripteurs IGN] ArcGIS [Termes descripteurs IGN] cartographie des risques [Termes descripteurs IGN] changement climatique [Termes descripteurs IGN] Ethiopie [Termes descripteurs IGN] image infrarouge [Termes descripteurs IGN] image Landsat-OLI [Termes descripteurs IGN] maladie parasitaire [Termes descripteurs IGN] risque sanitaire [Termes descripteurs IGN] système d'information géographique [Termes descripteurs IGN] utilisation du sol Résumé : (auteur) Malaria is a serious vector-borne disease affecting a greater proportion of the world’s population. Sub-Saharan Africa carries a disproportionately high share of the global malaria burden. Ethiopia is generally considered a low-to-moderate malaria transmission intensity country. However, the health sector in Ethiopia is greatly affected by climate change, which has profound consequences on the transmission cycles of vector-borne infectious diseases like malaria. The main objective of the study was to assess the spatial distribution of malaria hazard, vulnerability, and risk areas in Dire Dawa City Administration. GIS and remote-sensing in general and multi-criteria evaluation (MCE) in particular was used for assessing and mapping malaria hazard, risk, and vulnerable areas in Dire Dawa City Administration based on the data collected from various sources. The malaria hazard map of the study area labeled 0.6% of the region as low-hazard level, 79.7% moderate, 19.7% high, and 0.1% very low. Results of malaria vulnerability analysis reveal that about 23%, 73%, and 4% of the region was found to be vulnerable to malaria risk at very high, high, and low levels, respectively. The malaria risk map classifies 80% of the region as a moderate malaria-risk area and 20% as high malaria-risk area. This assessment advocates that the GIS and remote-sensing technology as tools can be used to provide timely information on malaria hazard, vulnerability, and risk areas for planning and taking measures at various levels ranging from early warning, monitoring, and control to prevention against malaria epidemics in a resource-efficient and cost-effective way. Numéro de notice : A2020-557 Affiliation des auteurs : non IGN Thématique : IMAGERIE Nature : Article nature-HAL : ArtAvecCL-RevueIntern DOI : 10.1007/s12518-019-00276-5 date de publication en ligne : 17/07/2019 En ligne : https://doi.org/10.1007/s12518-019-00276-5 Format de la ressource électronique : URL article Permalink : https://documentation.ensg.eu/index.php?lvl=notice_display&id=95862 [article]

Adapting an existing semi-automatized image processing chain to enable Sentinel-2 data classification. / Hiyam Elbadri (2018) 

Public Titre : Adapting an existing semi-automatized image processing chain to enable Sentinel-2 data classification. Type de document : Mémoire Auteurs : Hiyam Elbadri, Auteur Editeur : Champs-sur-Marne : Ecole nationale des sciences géographiques ENSG Année de publication : 2018 Importance : 56 p. Format : 21 x 30 cm Note générale : bibliographie Rapport de projet pluridisciplinaire, cycle Ingénieur 2e année Langues : Français (fre) Descripteur : [Vedettes matières IGN] Applications de télédétection [Termes descripteurs IGN] analyse d'image orientée objet [Termes descripteurs IGN] carte thématique [Termes descripteurs IGN] chaîne de traitement [Termes descripteurs IGN] classification barycentrique [Termes descripteurs IGN] classification non dirigée [Termes descripteurs IGN] classification par forêts aléatoires [Termes descripteurs IGN] classification par séparateurs à vaste marge [Termes descripteurs IGN] épidémie [Termes descripteurs IGN] GRASS [Termes descripteurs IGN] image Sentinel-MSI [Termes descripteurs IGN] maladie parasitaire [Termes descripteurs IGN] Ouganda [Termes descripteurs IGN] Python (langage de programmation) [Termes descripteurs IGN] R (langage) [Termes descripteurs IGN] restauration d'image [Termes descripteurs IGN] risque sanitaire [Termes descripteurs IGN] segmentation d'image [Termes descripteurs IGN] zone à risque Index. décimale : PROJET Rapports de projet - stage des ingénieurs de 2e année Résumé : (auteur) Dans un contexte d’une crise épidémiologique dans les villes d’Afrique sub-saharienne, suivie d’une urbanisation croissante, il paraît essentiel de souligner les facteurs clés au développement de plusieurs maladies. C’est dans ce contexte que le projet REACT existe. Ce dernier a pour but de développer des outils afin de faciliter l’étude des maladies contagieuses telle que la malaria avec des techniques de télédétection. Dans le cadre de ce projet, mon rôle était de créer une chaîne automatisée pour des données de Sentinel 2. En premier lieu, il faut les télécharger puis les pré-traiter pour enfin terminer avec une chaîne déjà existante que je devais adapter et qui permet la classification des données Sentinel 2. Les deux chaînes ont été implémentées via un programme Python et se fondent sur l’utilisation de logiciels libres tels que Grass GIS et R. Dans le cadre du projet, l’étude est appliquée à la ville de Kampala dans l’Ouganda, ville présentant les caractéristiques citées précédemment. Cartographier une zone hétérogène telle que Kampala en utilisant des techniques liées à l’"Object Based Image Analysis" est une méthode efficace pour améliorer notre compréhension de la maladie de la malaria et ce, dans un but d’avoir une meilleure prévisibilité. On obtiendra d’abord une segmentation optimale en utilisant une approche non supervisée. Ensuite, en utilisant une classification liée à cette maladie, nous allons classifier notre image en utilisant 3 classifieurs : SVM Radial, Random Forest et K-nearest Neighbor. S’en suivra une analyse de la précision obtenue pour ces 3 classifieurs. Les résultats seront interprétés de telle sorte qu’on pourra en déduire où se situent les zones à risque de la maladie dans la zone d’étude englobant la ville de Kampala et ses environs. Note de contenu : Introduction 1- Internship Description 2- Data, Methods and Tools 3- Case Study 4- Results Conclusion Numéro de notice : 21826 Affiliation des auteurs : non IGN Thématique : IMAGERIE Nature : Mémoire de projet pluridisciplinaire Organisme de stage : IGEAT (Université Libre de Bruxelles) Permalink : https://documentation.ensg.eu/index.php?lvl=notice_display&id=91333

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Automatisation de l’acquisition et du traitement des images Sentinel-2 pour le calcul d’indices de végétation aidant à la prévention des pics de paludisme à Madagascar / Charlotte Wolff (2017)

Public Titre : Automatisation de l’acquisition et du traitement des images Sentinel-2 pour le calcul d’indices de végétation aidant à la prévention des pics de paludisme à Madagascar Type de document : Mémoire Auteurs : Charlotte Wolff, Auteur Editeur : Champs-sur-Marne : Ecole nationale des sciences géographiques ENSG Année de publication : 2017 Importance : 64 p. Format : 21 x 30 cm Note générale : Bibliographie Mémoire de fin d'études, cycle des ingénieurs ENSG 3ème année, master PPMD Langues : Français (fre) Descripteur : [Vedettes matières IGN] Applications de télédétection [Termes descripteurs IGN] base de données localisées [Termes descripteurs IGN] Geospatial data abstraction library [Termes descripteurs IGN] image multibande [Termes descripteurs IGN] image Sentinel-MSI [Termes descripteurs IGN] indice de végétation [Termes descripteurs IGN] Linux [Termes descripteurs IGN] Madagascar [Termes descripteurs IGN] maladie parasitaire [Termes descripteurs IGN] masque [Termes descripteurs IGN] Orfeo Tool Box [Termes descripteurs IGN] Python (langage de programmation) [Termes descripteurs IGN] QGIS [Termes descripteurs IGN] restauration d'image [Termes descripteurs IGN] série temporelle [Termes descripteurs IGN] surveillance sanitaire Index. décimale : MPPMD Mémoires de mastère spécialisé Photogrammétrie, Positionnement et Mesures de Déformation Résumé : (Auteur) Dans des pays africains en voie de développement, tels Madagascar ou l’Afrique du Sud, le taux de mortalité lié aux maladies infectieuses est en constante diminution. Pourtant, le paludisme persiste. Pour gérer les épisodes de pics épidémiques, les autorités sanitaires développent des systèmes de surveillance basés sur l’acquisition en temps réel de données sur les cas de paludisme recensés par des agents présents sur le terrain et corrélées à des données environnementales acquises par satellite. L’Institut Pasteur de Madagascar a développé notamment un système de détection précoce et de prédiction des épidémies de paludisme à partir du système de surveillance sentinelle des maladies à potentiel épidémique et de données environnementales à basse résolution. Les données Sentinel-2, dont la résolution atteint 10m et dont la fréquence d’acquisition est de 5 jours, permettrait de compléter cette application. Mon stage de fin d’études réalisé avec l’UMR Espace-Dev, au sein des locaux de SEAS-OI à Saint-Pierre de La Réunion a donc pour objectif de tester et de comparer les différentes chaînes d’acquisition et de traitement des images Sentinel-2, permettant de les corriger de l’effet de l’atmosphère et de créer un masque de nuages. Les chaînes testées sont Sen2cor, MAJA et MUSCATE. Sen2cor donne des résultats moins bons que les deux autres chaînes mais qui restent suffisants pour l’utilisation que l’on veut en faire, d’autant que la chaîne de traitement Sen2cor est plus facile à prendre en main et ne nécessite pas de profondeur historique des images pour fonctionner, comme c’est le cas avec MAJA et MUSCATE. Les images téléchargées et traitées sont ensuite rangées dans une base de données et des images d’indices -de végétation dans un premier temps- sont calculées et rangées à leur tour dans la base de données. Ces indices sont utilisés pour créer des fichiers de séries temporelles facilement utilisables par l’Institut Pasteur de Madagascar pour aider à prédire les pics de paludisme sur le territoire malgache. Le produit attendu a été défini lors d’un séjour de cinq jours à l’institut, situé à Antananarivo, capitale de Madagascar. Puis dans un deuxième temps, les images des indices ont été intégrées au catalogue en ligne du SEAS-OI pour pouvoir dans le futur télécharger à distance les images traitées si besoin. L’automatisation a été réalisée sous un environnement Linux, avec des scripts codés en bash (Linux) ou en Python. Des librairies telles que Orpheo ToolBox et GDAL ont été utilisées. Note de contenu : INTRODUCTION CH 1 DEROULEMENT DU STAGE 1.1 Les objectifs du stage 1.2 Les organismes d’accueil 1.3 La gestion de projet CH 2 ACQUISITION ET CHOIX DU PRE-TRAITEMENT DES IMAGES 2.1 Caractéristiques des images Sentinel-2 2.2 Acquisition des images Sentinel-2 2.3 Logiciels de prétraitement des images 2.4 Comparaison et choix de la chaîne de prétraitement 2.5 Création du masque des nuages CH 3 AUTOMATISATION DE L'ACQUISITION ET DU PRE-TRAITEMENT DES IMAGES 3.1 Organisation de la base de données 3.2 Acquisition et traitement des données déjà disponibles 3.3 Automatisation pour l’acquisition des données futures 3.4 Ajout de nouveaux indices CH 4 REQUETES DANS LA BASE DE DONNEES 4.1 Format des séries temporelles pour répondre aux besoins de l’IPM 4.2 Développement du code 4.3 Résultats et comparaison avec les données MODIS 4.4 Produits complémentaires CONCLUSION Numéro de notice : 22906 Affiliation des auteurs : non IGN Thématique : FORET/IMAGERIE Nature : Mémoire de fin d'études IT Note de thèse : Mémoire de fin d'études : Sciences géographiques : Champs/Marne, ENSG : 2017 Organisme de stage : UMR Espace pour le Développement (Institut Pasteur de Madagascar) Permalink : https://documentation.ensg.eu/index.php?lvl=notice_display&id=89685

Scabies among the French armed forces in 2015 / Constance Brossier in Journal of infection, vol 73 n° 3 (September 2016)  

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Ash to ashes? / David Roderick in GEO: Geoconnexion international, vol 15 n° 5 (May 2016)

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The pine shoot beetle Tomicus piniperda as a plausible vector of Fusarium circinatum in northern Spain / Diana Bezos in Annals of Forest Science [en ligne], vol 72 n° 8 (December 2015)  

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Oak powdery mildew changes growth patterns in its host tree: host tolerance response and potential manipulation of host physiology by the parasite / Marie-Laure Desprez-Loustau in Annals of Forest Science, vol 71 n° 5 (July - August 2014)  

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Dracunculiasis, proximity, and risk: Analyzing the location of Guinea worm disease in a GIS / Nataniel Royal in Transactions in GIS, vol 17 n° 2 (April 2013)  

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Mapping malaria severity zones with Nigeriasat-1 incorporated into geographical information system / E. Ogunbadewa in Geocarto international, vol 27 n° 7 (November 2012)  

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A longitudinal study of malaria associated with deforestation in Sonitpur district of Assam, India / M. Nath in Geocarto international, vol 27 n° 1 (February 2012)  

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Spatial patterns and eco-epidemiological systems – part 1: multi-scale spatial modelling of the occurrence of Chagas disease insect vectors / Emmanuel Roux in Geospatial Health, vol 6 n° 1 (November 2011)  

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Spatial patterns and eco-epidemiological systems – part 2: multi-scale spatial modelling of the occurrence of Chagas disease insect vectors / Emmanuel Roux in Geospatial Health, vol 6 n° 1 (November 2011)  

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Seroprevalence of malaria in inhabitants of the urban zone of Antananarivo, Madagascar / Olivier Domarle in Malaria Journal, n° 5 ([01/11/2006])  

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