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Termes IGN > environnement > écologie > écosystème > biocénose > phytocénose > espèce végétale
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Direct analysis in real-time (DART) time-of-flight mass spectrometry (TOFMS) of wood reveals distinct chemical signatures of two species of Afzelia / Peter Kitin in Annals of Forest Science, vol 78 n° 2 (June 2021)
[article]
Titre : Direct analysis in real-time (DART) time-of-flight mass spectrometry (TOFMS) of wood reveals distinct chemical signatures of two species of Afzelia Type de document : Article/Communication Auteurs : Peter Kitin, Auteur ; Edgard Espinoza, Auteur ; Hans Beeckman, Auteur ; et al., Auteur Année de publication : 2021 Article en page(s) : Article 31 Note générale : Bibliographie Langues : Anglais (eng) Descripteur : [Vedettes matières IGN] Traitement d'image
[Termes IGN] abattage (sylviculture)
[Termes IGN] Afzelia (genre)
[Termes IGN] analyse discriminante
[Termes IGN] apprentissage non-dirigé
[Termes IGN] bois
[Termes IGN] espèce végétale
[Termes IGN] forêt tropicale
[Termes IGN] identification de plantes
[Termes IGN] signature spectrale
[Termes IGN] spectrométrie
[Termes IGN] taxinomie
[Termes IGN] temps réelRésumé : (Auteur) Distinct chemical fingerprints of the wood of Afzelia pachyloba and A. bipindensis demonstrated an effective method for identifying these two commercially important species. Direct analysis in real-time (DART) time-of-flight mass spectrometry (TOFMS) allowed high-throughput examination of chemotypes with vast potential in taxonomic, ecological, and forensic research of wood.
Context : Afzelia is a genus of valuable tropical timber trees. Accurate identification of wood is required for the prevention of illicit timber trade as well as for certification purposes in the forest and wood products industry. For many years, particular interest has been focused on attempts to distinguish the wood of A. bipindensis Harms from A. pachyloba Harms due to substantial differences in the commercial values of these two species.
Aims : We investigated if wood chemical signatures and microscopy could identify the wood of A. bipindensis and A. pachyloba.
Methods : We used two approaches, namely metabolome profiling by direct analysis in real-time (DART) time-of-flight mass spectrometry (TOFMS) and wood microstructure by light microscopy and SEM. In all, we analyzed samples from 89 trees of A. bipindensis, and A. pachyloba.
Results : The two species could not be separated by the IAWA standard microscopic wood features. SEM analysis showed considerable variation in the morphology of vestured pits; however, this variation was not species-specific. In contrast, DART-TOFMS followed by unsupervised statistics (Discriminant Analysis of Principal Components) showed distinct metabolome signatures of the two species.
Conclusion : DART-TOFMS provides a rapid method for wood identification that can be easily applied to small heartwood samples. Time- and cost-effective classification of wood chemotypes by DART-TOFMS can have potential applications in various research questions in forestry, wood science, tree-ecophysiology, and forensics.Numéro de notice : A2021-327 Affiliation des auteurs : non IGN Thématique : FORET/IMAGERIE Nature : Article nature-HAL : ArtAvecCL-RevueIntern DOI : 10.1007/s13595-020-01024-1 Date de publication en ligne : 31/03/2021 En ligne : https://doi.org/10.1007/s13595-020-01024-1 Format de la ressource électronique : URL article Permalink : https://documentation.ensg.eu/index.php?lvl=notice_display&id=97488
in Annals of Forest Science > vol 78 n° 2 (June 2021) . - Article 31[article]Provisioning forest and conservation science with high-resolution maps of potential distribution of major European tree species under climate change / Debojyoti Chakraborty in Annals of Forest Science, vol 78 n° 2 (June 2021)
[article]
Titre : Provisioning forest and conservation science with high-resolution maps of potential distribution of major European tree species under climate change Type de document : Article/Communication Auteurs : Debojyoti Chakraborty, Auteur ; Norbert Móricz, Auteur ; Ervin Rasztovits, Auteur ; et al., Auteur Année de publication : 2021 Article en page(s) : Article 26 Note générale : Bibliographie Langues : Anglais (eng) Descripteur : [Termes IGN] analyse de groupement
[Termes IGN] carte forestière
[Termes IGN] changement climatique
[Termes IGN] conservation des ressources forestières
[Termes IGN] espèce végétale
[Termes IGN] Europe (géographie politique)
[Termes IGN] Fagus sylvatica
[Termes IGN] Larix decidua
[Termes IGN] outil d'aide à la décision
[Termes IGN] peuplement forestier
[Termes IGN] Picea abies
[Termes IGN] Pinus sylvestris
[Termes IGN] Quercus pedunculata
[Termes IGN] Quercus sessiliflora
[Termes IGN] vulnérabilité
[Vedettes matières IGN] Ecologie forestièreRésumé : (Auteur) We developed a dataset of the potential distribution of seven ecologically and economically important tree species of Europe in terms of their climatic suitability with an ensemble approach while accounting for uncertainty due to model algorithms. The dataset was documented following the ODMAP protocol to ensure reproducibility. Our maps are input data in a decision support tool “SusSelect” which predicts the vulnerability of forest trees in climate change and recommends adapted planting material. Numéro de notice : A2021-329 Affiliation des auteurs : non IGN Thématique : BIODIVERSITE/FORET Nature : Article nature-HAL : ArtAvecCL-RevueIntern DOI : 10.1007/s13595-021-01029-4 Date de publication en ligne : 22/03/2021 En ligne : https://doi.org/10.1007/s13595-021-01029-4 Format de la ressource électronique : URL Article Permalink : https://documentation.ensg.eu/index.php?lvl=notice_display&id=97490
in Annals of Forest Science > vol 78 n° 2 (June 2021) . - Article 26[article]Shedding light on typical species: implications for habitat monitoring / Gianmaria Bonari in Plant sociology, vol 58 n° 1 ([01/02/2021])
[article]
Titre : Shedding light on typical species: implications for habitat monitoring Type de document : Article/Communication Auteurs : Gianmaria Bonari, Auteur ; et al., Auteur Année de publication : 2021 Article en page(s) : pp 157 - 166 Note générale : bibliographie Langues : Anglais (eng) Descripteur : [Termes IGN] directive européenne
[Termes IGN] espèce végétale
[Termes IGN] habitat (nature)
[Termes IGN] habitat d'intérêt communautaire
[Termes IGN] phytoécologie
[Termes IGN] phytosociologie
[Termes IGN] site Natura 2000
[Termes IGN] terminologie
[Vedettes matières IGN] Ecologie forestièreRésumé : (auteur) Habitat monitoring in Europe is regulated by Article 17 of the Habitats Directive, which suggests the use of typical species to assess habitat conservation status. Yet, the Directive uses the term “typical” species but does not provide a definition, either for its use in reporting or for its use in impact assessments. To address the issue, an online workshop was organized by the Italian Society for Vegetation Science (SISV) to shed light on the diversity of perspectives regarding the different concepts of typical species, and to discuss the possible implications for habitat monitoring. To this aim, we inquired 73 people with a very different degree of expertise in the field of vegetation science by means of a tailored survey composed of six questions. We analysed the data using Pearson's Chi-squared test to verify that the answers diverged from a random distribution and checked the effect of the degree of experience of the surveyees on the results. We found that most of the surveyees agreed on the use of the phytosociological method for habitat monitoring and of the diagnostic and characteristic species to evaluate the structural and functional conservation status of habitats. With this contribution, we shed light on the meaning of “typical” species in the context of habitat monitoring. Numéro de notice : A2021-729 Affiliation des auteurs : non IGN Thématique : FORET Nature : Article DOI : 10.3897/pls2020581/08 Date de publication en ligne : 30/06/2021 En ligne : https://doi.org/10.3897/pls2020581/08 Format de la ressource électronique : URL article Permalink : https://documentation.ensg.eu/index.php?lvl=notice_display&id=98672
in Plant sociology > vol 58 n° 1 [01/02/2021] . - pp 157 - 166[article]Analyse de la dynamique d’embroussaillement des pelouses calcaires par traitement d’images / Théo Mesure (2021)
Titre : Analyse de la dynamique d’embroussaillement des pelouses calcaires par traitement d’images : Quelles possibilités d’automatisation ? Type de document : Mémoire Auteurs : Théo Mesure, Auteur Editeur : Champs-sur-Marne : Ecole nationale des sciences géographiques ENSG Année de publication : 2021 Importance : 63 p. Format : 21 x 30 cm Note générale : Bibliographie
Rapport de projet pluridisciplinaire, cycle ING2Langues : Français (fre) Descripteur : [Vedettes matières IGN] Traitement d'image optique
[Termes IGN] analyse diachronique
[Termes IGN] automatisation
[Termes IGN] calcaire
[Termes IGN] carte d'occupation du sol
[Termes IGN] classification dirigée
[Termes IGN] classification orientée objet
[Termes IGN] classification par forêts d'arbres décisionnels
[Termes IGN] espèce végétale
[Termes IGN] géoréférencement indirect
[Termes IGN] image aérienne
[Termes IGN] Moselle (57)
[Termes IGN] Orfeo Tool Box
[Termes IGN] pelouse
[Termes IGN] protection de la biodiversitéIndex. décimale : PROJET Mémoires : Rapports de projet - stage des ingénieurs de 2e année Résumé : (Auteur) L’analyse fine et régulière des pelouses calcaires est un enjeu majeur dans le cadre des missions de gestion et de suivi scientifique du Conservatoire d’Espaces Naturels de Lorraine. Les pelouses sont des milieux semi-naturels, soumis à des dynamiques d’embroussaillement fortes et rapides si elles ne sont pas gérées régulièrement. A l’heure actuelle, le suivi de cette dynamique au Conservatoire se fait par analyse diachronique des photos aériennes mises à disposition. Cette analyse est complétée par une cartographie de terrain. Réalisée à la main, cette méthode est pour l’heure assez chronophage. Les travaux effectués au cours de ce stage se positionnent donc dans la continuité de ces études. Au vu des moyens technologiques actuels, le Conservatoire s’interroge sur la possibilité d’automatiser les cartographies d’occupation du sol, afin d’évaluer l’embroussaillement sur ses différents sites. Pour répondre à cette problématique, deux méthodes de classification supervisée ont été développées. Elles suivent le même principe et ne différent que par les données qu’on leur fournie. La première traite des images disposant de canal proche-infrarouge, tandis que la deuxième méthode se concentre elle sur les images ne disposant que du spectre visible. Pour procéder à la classification, les images sont segmentées grâce à l’algorithme de ligne de partage des eaux. On extrait aussi un certain nombre d’informations, directes ou dérivées, de ces images. Les attributs calculés ici, ont été déterminés pour fournir les meilleurs résultats sur la détection des pelouses calcaires. Enfin les segments créés sont donnés au classifieur RandomForest, afin qu’il les ordonne selon un ensemble de classes définies au préalable. Avec les méthodes développées, le classifieur parvient à trouver entre 80% et 90% de vrai positifs pour le type d’arbuste ou de pelouse, selon les années et les données en entrée. Des pistes d’amélioration ont aussi été explorées, telles que l’ajout de données externes ou le lissage de carte. Le deuxième objectif de ce stage était de pouvoir transmettre les méthodes de classification développées au plus grand nombre. Pour cela, des manuels utilisateurs ont été écrits, détaillant chacune des étapes nécessaires. Ces manuels donnent aussi les clefs de compréhension nécessaires à l’analyse des résultats et des attributs produits. A l’issu de ce stage, les perspectives sont nombreuses. Une telle méthodologie offre la possibilité d’un suivi plus régulier et détaillé des sites du Conservatoire. L’utilisation d’une méthode de classification orientée-objet, permet de prendre en compte le travail des experts sur le terrain, ainsi que d’intégrer plus facilement ces données au classifieur. Un travail sur les classes est aussi envisageable : en dehors du bâti, une simplification des classes de végétation est possible, et permettrait de faciliter le travail sur les images anciennes. Pour les images actuelles, un travail sur la nomenclature pourrait être utile pour améliorer le niveau de détail de la carte. En s’appliquant par exemple à différencier arbustes bas, pelouse non-gérée et pelouse non-gérée mitée (i.e avec un début d’embroussaillement). Enfin la faible configuration machine requise, permet d’imaginer des utilisations par un nombre plus grand d’acteurs. Note de contenu : Introduction
1. Contexte et présentation du stage
1.1 Présentation de la structure
1.2 Enjeux et objectifs
1.3 Présentation des sites
1.4 Déroulement et organisation du stage
1.5 Données à disposition
2. Recherches effectuées et principe de la méthode
2.1 Recherche des outils
2.2 Principe de fonctionnement
3. Description et création des attributs et des segments
3.1 Attributs spectraux
3.2 Attributs de texture
3.3 Attributs géométriques
3.4 Création des segments
3.5 Création de statistiques
4. Classifieur utilisé
4.1 SVM et RandomForest
4.2 Arbre de décision
4.3 Construction et fonctionnement du RandomForest
4.4 Jeu d’entraînement, jeu de validation
5. Résultats
5.1 Classes retenues
5.2 Cartes d’occupation du sol, images récentes
5.3 Cartes d’occupation du sol, images anciennes
5.4 Evaluation détaillée du classifieur
5.5 Statistiques d’occupation du sol
6. Limites et améliorations
6.1 Limites de la méthode
6.2 Limites de la nomenclature
6.3 Limites sur le panchromatique
6.4 Limites sur le RVB ancien
6.5 Limites sur l’évaluation du classifieur
6.6 Limites sur le géoréférencement
6.7 Améliorations possibles
7. Mise à disposition pour les utilisateurs du CENL
7.1 Outils utilisés pour automatiser
7.2 Rédaction et contenu des manuels
7.3 Limites
ConclusionNuméro de notice : 26620 Affiliation des auteurs : non IGN Thématique : BIODIVERSITE/FORET/IMAGERIE Nature : Mémoire de projet pluridisciplinaire Organisme de stage : Conservatoire des Espaces Naturels de Lorraine CENL Permalink : https://documentation.ensg.eu/index.php?lvl=notice_display&id=98584 Documents numériques
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Analyse de la dynamique d’embroussaillement des pelouses calcaires par traitement d’images - pdf auteurAdobe Acrobat PDF
Titre : Drivers and implications of dominant and rare tree species in global forests Type de document : Thèse/HDR Auteurs : Iris Hordijk, Auteur Editeur : Zurich : Eidgenossische Technische Hochschule ETH - Ecole Polytechnique Fédérale de Zurich EPFZ Année de publication : 2021 Note générale : bibliographie
Thesis submitted to attain the degree of Doctor of Sciences of ETH ZurichLangues : Anglais (eng) Descripteur : [Termes IGN] âge du peuplement forestier
[Termes IGN] biodiversité végétale
[Termes IGN] biome
[Termes IGN] écosystème forestier
[Termes IGN] espèce végétale
[Termes IGN] extinction (biologie)
[Termes IGN] forêt boréale
[Termes IGN] forêt tempérée
[Termes IGN] forêt tropicale
[Termes IGN] habitat (nature)
[Termes IGN] peuplement forestier
[Termes IGN] plante menacée
[Termes IGN] productivité biologique
[Termes IGN] richesse floristique
[Termes IGN] service écosystémique
[Vedettes matières IGN] Inventaire forestierIndex. décimale : THESE Thèses et HDR Résumé : (auteur) Forests provide crucial ecosystem functions and services for the earth system and humanity. Due to ongoing deforestation and forest degradation, these ecosystems are increasingly fragmented and disturbed, significantly changing tree species composition within the forest. Most plant communities are comprised of a few dominant species that are numerically abundant, and many rare species, each of which exist at low abundance. Given their differences in abundance and characteristics, the loss of dominant and rare species have distinct impacts on ecosystem functioning. Decreasing abundances of dominant species typically have larger immediate impacts on overall ecosystem processes (e.g. productivity), while a decline in abundance of rare species can lead to the loss of key functions and overall multifunctionality, and can ultimately drive species extinctions. Despite their unique role in the ecosystem, it remains unclear what drives species to become dominant or rare, how threatened locally dominant and rare species are, and what the effect of species abundance on ecosystem function is across large environmental gradients in our global forests. The aim of this thesis is to explore the drivers of tree species abundance, and evaluate the effect of relative tree species abundance on forest productivity. Specifically, the three chapters of this thesis aimed to identify at a global scale the 1) patterns, drivers, and threats to dominant and rare tree species, 2) differences in trait values and trait diversity that differentiate the functional contributions of dominant and rare tree species, and 3) how evenness (the relative species abundances in the community) mediates the relationship between tree species richness and forest productivity in forests. In this thesis I answered these research questions by analyzing a global dataset of forest composition, which enabled me to describe broad-scale ecological patterns and to test general ecological laws. Note de contenu : General introduction
1- Patterns, drivers and threats to dominant and rare tree species worldwide
2- Trait diversity of dominant and rare tree species in global forests: a habitat filtering perspective
3- Evenness mediates the global relationship between forest productivity and richness
SynthesisNuméro de notice : 28690 Affiliation des auteurs : non IGN Thématique : BIODIVERSITE/FORET Nature : Thèse étrangère Note de thèse : PhD Thesis : Sciences : ETH Zurich 2021 DOI : sans En ligne : https://www.research-collection.ethz.ch/handle/20.500.11850/520710 Format de la ressource électronique : URL Permalink : https://documentation.ensg.eu/index.php?lvl=notice_display&id=100131 CNN-based tree species classification using high resolution RGB image data from automated UAV observations / Sebastian Egli in Remote sensing, vol 12 n° 23 (December-2 2020)PermalinkBioclimatic modeling of potential vegetation types as an alternative to species distribution models for projecting plant species shifts under changing climates / Robert E. Keane in Forest ecology and management, vol 477 ([01/12/2020])PermalinkMapping forest tree species in high resolution UAV-based RGB-imagery by means of convolutional neural networks / Felix Schiefer in ISPRS Journal of photogrammetry and remote sensing, vol 170 (December 2020)PermalinkSee the forest and the trees: Effective machine and deep learning algorithms for wood filtering and tree species classification from terrestrial laser scanning / Zhouxin Xi in ISPRS Journal of photogrammetry and remote sensing, vol 168 (October 2020)PermalinkTree species classification using structural features derived from terrestrial laser scanning / Louise Terryn in ISPRS Journal of photogrammetry and remote sensing, vol 168 (October 2020)PermalinkTowards a semi-automated mapping of Australia native invasive alien Acacia trees using Sentinel-2 and radiative transfer models in South Africa / Cecilia Masemola in ISPRS Journal of photogrammetry and remote sensing, vol 166 (August 2020)PermalinkDetection of Xylella fastidiosa infection symptoms with airborne multispectral and thermal imagery: Assessing bandset reduction performance from hyperspectral analysis / T. Poblete in ISPRS Journal of photogrammetry and remote sensing, vol 162 (April 2020)PermalinkFlowering acceleration in native Brazilian tree species for genetic conservation and breeding / Gleidson Guilherme Caldas Mende in Annals of forest research, Vol 63 n° 1 (January - June 2020)PermalinkFusion of 3D point clouds and hyperspectral data for the extraction of geometric and radiometric features of trees / Eduardo Alejandro Tusa Jumbo (2020)PermalinkMapping of forest tree distribution and estimation of forest biodiversity using Sentinel-2 imagery in the University Research Forest Taxiarchis in Chalkidiki, Greece / Maria Kampouri in Geocarto international, vol 34 n° 12 ([15/09/2019])Permalink